Global Alignment
Global alignment tools Maak een end-to-end alignment van de sequenties die moeten worden uitgelijnd.
naald (EMBOSS)
EMBOSS naald creëert een optimale globale uitlijning van twee sequenties met behulp van het Needleman-Wunsch algoritme.
Lanceernaald
Stretcher (EMBOSS)
EMBOSS Stretcher maakt gebruik van een aanpassing van het Needleman-Wunsch algoritme waardoor grotere sequenties globaal uitgelijnd kunnen worden.,
start Stretcher
lokale uitlijning
lokale uitlijning gereedschappen vinden een of meer uitlijningen die de meest vergelijkbare regio(s) beschrijven binnen de reeksen die moeten worden uitgelijnd. Zij zijn kunnen eiwit en nucleotideopeenvolgingen richten.
Water (EMBOSS)
EMBOSS Water gebruikt het Smith-Waterman algoritme (aangepast voor snelheidsverbeteringen) om de lokale uitlijning van twee sequenties te berekenen.
Launch Water
Matcher (EMBOSS)
EMBOSS Matcher identificeert lokale overeenkomsten tussen twee sequenties met behulp van een rigoureus algoritme gebaseerd op de LALIGN-toepassing.,
Launch Matcher
LALIGN
LALIGN vindt interne duplicaties door niet-kruisende lokale uitlijningen van eiwitten of DNA-sequenties te berekenen.
start LALIGN