binnen het eerste decennium van de heerschappij van de Opperkanselier Palpatine, verscheen Graaf Dooku als het gezicht van de separatistische beweging, die systemen voor zijn zaak bundelde — hoewel sommige planeten, zoals de strategisch gelegen handelswereld van Eriadu, zijn smeekbeden weerstonden. Op Geonosis spande hij samen met andere leiders om een enorm droid leger te bouwen dat de republiek zou overweldigen. Hij was echter verbaasd te ontdekken dat Obi-Wan Kenobi tijdens zijn missie naar het systeem was gekomen., Toen de Jedi eenmaal gevangen was, beweerde Dooku dat hij blij was hem te ontmoeten – als de voormalige meester van Qui-Gon Jinn, had Dooku alleen goede dingen over Obi-Wan gehoord-en vroeg om zijn hulp. De reden dat Dooku bij de Separatisten kwam, zei hij, was dat hij een verschrikkelijke waarheid leerde: een Sith Lord genaamd Darth Sidious controleerde de Senaat. Met Obi-Wan aan zijn zijde, kunnen ze de Sith vernietigen. “Ik zal je nooit vergezellen, Dooku,” zeiden de Jedi. Dooku liet Obi-Wan koud achter in zijn cel.,later wilden Dooku en de Geonosiërs Obi-Wan, Anakin Skywalker en Padmé Amidala in hun enorme arena executeren. De drie hielden de beesten echter tegen, wat de Jedi en hun nieuwe clone army de tijd gaf om een aanval uit te voeren. Dit markeerde het begin van de kloon oorlogen, waarbij beide partijen zware verliezen leden. in zijn poging om te ontsnappen, Reed Dooku met een speeder naar een nabijgelegen hangar, maar werd gevolgd door Obi-Wan en Anakin., De separatistische leider ontbrandde een rood-bladed lightsaber-bewijs dat hij in feite Sith had gedraaid – en sloeg Anakin met een krachtig schot van kracht bliksem. Arrogant en enthousiast voor de strijd, hij beschimpte hen beiden, uiteindelijk verwond Obi-Wan en het snijden van Anakin ‘ s rechterarm. Klaar om de Jedi af te maken, Dooku stopte toen hij bekende voetstappen hoorde: Yoda was aangekomen. De Sith beweerden krachtiger te zijn dan welke Jedi dan ook, maar Yoda absorbeerde gemakkelijk zijn bliksemaanval. “Veel te leren heb je nog steeds,” zei hij., Met dat, de twee vochten een woedend lichtzwaard duel, die eindigde met Dooku het maken van een haastige exit. “Dit is nog maar het begin,” waarschuwde hij. De voormalige Jedi ontvluchtten het systeem en landden in een ongemarkeerde woning op Coruscant, begroet door de kwade Darth Sidious. Hij zei:” mijn Heer, Ik heb een verheugende tijding voor u. De oorlog is begonnen.”