Tres Marías amazon at Cougar Mountain Zoological Park, Verenigde Staten
Deze soort maakt deel uit van het Amazona ochrocephala complex, dat ook de geel-nape Amazone (A. auropaliata) omvat. Dit complex, dat “een taxonomische hoofdpijn” wordt genoemd, wordt door sommige autoriteiten beschouwd als een enkele soort en opgesplitst in drie soorten door anderen. De split is voornamelijk gebaseerd op de hoeveelheid geel in het verenkleed, de kleur van de poten en snavel, de nabijheid van A. oratrix en A., auropalliata in Oaxaca, Mexico, zonder duidelijke kruising, en de aanwezigheid van zowel A. ochrocephala als A. auropalliata in het noorden van Honduras. Deze evaluatie is echter verward door misverstanden over de verenkleed variaties in de populaties in het noorden van Honduras, waar vogels sterk variëren in hoeveelheid geel op de kop, kroon en nek, maar hebben bleke snavels en een juveniele verenkleed dat overeenkomt met A. oratrix, maar noch A. ochrocephala noch A. auropaliata. In 1997 werd de populatie uit de sula vallei in het noorden van Honduras beschreven als een nieuwe ondersoort, hondurensis, van A., oratrix. A. auropalliata caribaea op de islas de la Bahía, die relatief dicht bij de recent beschreven A. oratrix hondurensis ligt, kan een relatief bleke onderkaak hebben, wat erop wijst dat er tussen de twee genenstromen kunnen optreden. Indien bevestigd, zou dit kunnen suggereren dat de twee beter als conspecifiek worden beschouwd. Er is ook gesuggereerd dat caribaea en parvipes, beide meestal beschouwd als ondersoorten van A. auropalliata, dichter bij A. oratrix kunnen liggen dan bij de nominaat A. auropalliata. Beide zijn relatief klein en hebben rood op de schouder zoals A., oratrix, maar in tegenstelling tot nominaat A. auropalliata. De leden van dit complex zijn gekend om in gevangenschap te hybridiseren, en recente fylogenetische analyse van DNA steunde de splitsing in de drie “traditionele” biologische species niet, maar onthulde drie clades, die potentieel in drie fylogenetische species zouden kunnen worden opgesplitst: een Mexicaanse en Centraal-Amerikaanse species (met inbegrip van panamensis, die zich enigszins tot Zuid-Amerika uitstrekt), een species van Noord-Zuid-Amerika, en een species van het zuidelijke Amazonebekken., De Midden-Amerikaanse clade kan verder worden gesplitst, met panamensis (de Panama Amazone) en tresmariae (de Tres Marías Amazone) erkend als twee monotypische soorten.volgens de traditionele split omvat A. oratrix de taxa tresmariae (van de Tres Marías eilanden), belizensis (van Belize) en hondureensis (van de sula vallei in het noorden van Honduras) als ondersoorten., Een andere ondersoort, magna, is soms erkend voor de populatie op de Golf helling van Mexico, maar vandaag de dag de meeste autoriteiten beschouwen het ongeldig, in plaats daarvan met inbegrip van deze populatie in oratrix, die ook voorkomt op de Pacific helling van Mexico. De populatie in het noordwesten van Honduras en het aangrenzende oosten van Guatemala (in de buurt van Puerto Barrios), die lijkt op A. oratrix belizensis en vaak wordt opgenomen in die ondersoort, kan een onbeschreven ondersoort vertegenwoordigen., Het is soms aangeduid als guatemalensis, maar totdat deze populatie officieel is beschreven, blijft de naam voorlopig.
De oorsprong van het gemeenschappelijke epitheton “double yellow-headed” is dat deze soort zich onderscheidt van de andere in het geelkoppige amazonecomplex door het bezit van zowel de gele nek als de gele kroon van zijn twee naaste verwanten, vandaar een “double-yellow” kop.