het koloniale Handvest van Savannah verbood rooms-katholieken zich in de stad te vestigen. De Engelse trustees vreesden dat katholieken loyaler zouden zijn aan de Spaanse autoriteiten in Florida dan aan de Engelse regering in Georgië, maar dit verbod verdween kort na de Amerikaanse Revolutie. De gemeente van de kerk werd gereorganiseerd rond 1796. De Franse katholieke emigrés stichtten de eerste kerk in 1799 nadat ze Haïti ontvluchtten na slavenopstanden die in 1791 op het Caribische eiland begonnen., Het werd de belangrijkste kerk voor vrije zwarten uit Haïti in het begin van de 19e eeuw. In 1859 begon de bouw van de Nieuwe Kathedraal van Johannes de Doper. Het gebouw werd bijna verwoest door brand in 1898, maar door ijverige inspanning werd herbouwd in 1899. De kathedraal basiliek van St. Johannes de Doper was het eerste gebouw in Georgië gebouwd van baksteen. Het beschikt over 81 gebrandschilderde ramen, 16 waterspuwers, is 214 voet hoog met een dak hoogte van 96 voet, nam meer dan 90.000 koperen nagels en 45.000 leien te bouwen.,de Congregatie bouwde haar eerste kerk op Liberty Square in 1779 en in 1811 koos ze een plaats in Drayton and Perry Street voor een groter gebouw. Bisschop John England van het bisdom Charleston, dat Savannah omvatte, wijdde de nieuwe kerk op 1 April 1839. Paus Pius IX stichtte het bisdom Savannah in juli 1850 en de Congregatie begon te plannen voor een nieuwe kathedraal op het Lafayette plein in 1870 onder Savannah ‘ s vierde bisschop, de rechter dominee Ignatius Persico., Meest dominee James Roosevelt Bayley, aartsbisschop van Baltimore, zat de inwijding van het neogotische heiligdom voor op 30 April 1876. Echter, de bakstenen structuur ontbrak torenspitsen die niet werden toegevoegd tot 1896 toen het ook een coating van stucwerk en whitewash ontvangen.op 6 februari 1898 veegde een brand het gebouw en liet alleen de muren en torens achter, maar de Congregatie herbouwde snel en kon de kerstmis vieren in het nieuwe gebouw in 1899. Maar nogmaals, de structuur was niet compleet en interieur duurde een extra 13 jaar., Rond 1904 werden glas-in-loodramen geïnstalleerd. De parochie ondernam daaropvolgende renovatieprojecten in 1959-1965, die betrekking hebben op verwarming, koeling en verlichting systemen en decoratie; 1984-1985, om structurele fundamenten te versterken en veranderingen voorgesteld door het Tweede Vaticaans Concilie en 1998-2000 om nieuwe dakbedekking te installeren, en het oorspronkelijke kleurenpalet en decoraties te herstellen.Paus Franciscus verhief de status van de kerk tot minor basilica in 2020.