Au cours de la première décennie du règne du Chancelier Suprême Palpatine, le Comte Dooku est apparu comme le visage du mouvement séparatiste, ralliant des systèmes à sa cause though bien que certaines planètes, telles que le monde commercial stratégiquement situé D’Eriadu, aient résisté à ses supplications. Sur Geonosis, il conspira avec d’autres dirigeants pour construire une armée massive de droïdes qui submergerait la République. Il a été surpris de constater, cependant, Qu’Obi-Wan Kenobi avait fait son chemin vers le système alors qu’il était en mission., Une fois le Jedi capturé, Dooku a affirmé qu’il était heureux de le rencontrer as en tant qu’ancien maître de Qui-Gon Jinn, Dooku n’avait entendu que de bonnes choses sur Obi-Wan.et a demandé son aide. La raison pour laquelle Dooku a rejoint les séparatistes, a-t-il dit, était qu’il avait appris une terrible vérité: un seigneur Sith appelé Dark Sidious contrôlait le Sénat. Avec Obi-Wan à ses côtés, ils pourraient détruire les Sith. « Je ne me joindrai jamais à toi, Dooku », a déclaré le Jedi. Dooku laissa froidement Obi-Wan dans sa cellule.,
plus tard, Dooku et les Géonosiens ont prévu d’exécuter Obi-Wan, ainsi Qu’Anakin Skywalker et Padmé Amidala, dans leur arène massive. Les trois ont cependant repoussé les bêtes déchaînées sur eux, ce qui a donné au Jedi et à leur nouvelle armée de clones le temps de lancer une attaque. Ainsi a marqué le début de la guerre des clones, avec les deux parties subissant de lourdes pertes.
dans sa tentative de s’échapper, Dooku est monté sur un speeder jusqu’à un hangar voisin, mais a été suivi par Obi-Wan et Anakin., Le chef séparatiste a allumé un sabre laser à lame rouge-preuve qu’il avait en fait transformé Sith-et a frappé Anakin d’un puissant coup de foudre. Arrogant et avide de combat, il les nargua tous les deux, blessant finalement Obi-Wan et sectionnant le bras droit d’Anakin. Prêt à finir le Jedi, Dooku s’arrêta quand il entendit des pas familiers: Yoda était arrivé. Les Sith prétendaient être plus puissants que n’importe quel Jedi, mais Yoda a facilement absorbé son attaque éclair de Force. « Beaucoup à apprendre, vous avez encore,” dit-il., Avec cela, les deux se sont battus un duel furieux au sabre laser, qui s’est terminé par Dooku faisant une sortie précipitée. « Ce n’est que le début”, prévient-il. L’ancien Jedi a fui le système et a atterri dans une habitation non marquée sur Coruscant, accueilli par le maléfique Dark Sidious. « J’ai de bonnes nouvelles pour vous, mon seigneur,” dit-il. « La guerre a commencé.”