La charte coloniale de Savannah interdit aux catholiques romains de s’installer dans la ville. Les administrateurs anglais craignaient que les catholiques soient plus fidèles aux autorités espagnoles en Floride qu’au gouvernement anglais en Géorgie, mais cette interdiction disparut peu après la Révolution américaine. La Congrégation de l’église fut réorganisée vers 1796. Les émigrés catholiques français ont établi la première église en 1799 après avoir fui Haïti après les rébellions d’esclaves qui ont commencé sur l’île des Caraïbes en 1791., Il est devenu l’église principale pour les Noirs libres D’Haïti au début du 19ème siècle. La construction de la nouvelle cathédrale Saint-Jean-Baptiste a commencé en 1859. La structure a été presque détruite par un incendie en 1898, mais grâce à des efforts diligents a été reconstruit en 1899. La Basilique Cathédrale de Saint – Jean-Baptiste a été le premier bâtiment en Géorgie construit en brique. Il comporte 81 vitraux, 16 gargouilles, mesure 214 pieds de haut avec une hauteur de toit de 96 pieds, a pris plus de 90 000 clous de cuivre et 45 000 ardoises à construire.,
la congrégation construit sa première église sur Liberty Square en 1779 et en 1811, choisit un site sur les rues Drayton et Perry pour un bâtiment plus grand. L’évêque John England du diocèse de Charleston, qui englobait Savannah, consacra la nouvelle église le 1er avril 1839. Le pape Pie IX a établi le diocèse de Savannah en juillet 1850 et la congrégation a commencé à planifier une nouvelle cathédrale sur Lafayette Square en 1870 sous le quatrième évêque de Savannah, le Révérend Ignatius Persico., Le révérend James Roosevelt Bayley, Archevêque de Baltimore, présida à l’inauguration du sanctuaire néo-gothique le 30 avril 1876. Cependant, la structure en briques manquait de flèches qui n’ont été ajoutées qu’en 1896, lorsqu’elle a également reçu un revêtement de stuc et de badigeon.
Le 6 février 1898, un incendie a balayé le bâtiment et n’a laissé que les murs et les tours, mais la congrégation a rapidement reconstruit et a pu célébrer la messe de Noël dans le nouvel établissement en 1899. Mais encore une fois, la structure n’était pas complète et la décoration intérieure a pris 13 ans supplémentaires., Des vitraux ont été installés vers 1904. La paroisse a entrepris des projets de rénovation ultérieurs en 1959-1965, qui ont porté sur les systèmes de chauffage, de refroidissement et d’éclairage et la décoration; 1984-1985, pour renforcer les fondations structurelles et mettre en œuvre les changements suggérés par le Concile Vatican II et 1998-2000 pour installer une nouvelle toiture et restaurer la palette de couleurs et les
Le Pape François a élevé l’église au rang de basilique mineure en 2020.