Samaritanism anser att toppen av Mount Gerizim är den sanna platsen för Guds heliga plats, i motsats till grundstenen på Tempelberget som judendomen lär. Som sådan spårar samaritaner sin historia som en separat enhet från judarna tillbaka till Moses tid, där de tror att Joshua lade grunden för sitt tempel. Samaritan historiografi spårar schismen själv till översteprästen Eli överge Moses tabernakel till förmån för Mount Gerizim efter Joshua död.,
Abu l-Fath, som på 1300-talet skrev ett stort verk av samaritisk historia, kommenterar Samaritanskt ursprung enligt följande:
ett hemskt inbördeskrig bröt ut mellan Eli son till Yafni, av linjen Ithamar och Pincus söner (Phinehas), eftersom Eli son till Yafni bestämde sig för att använda det höga prästadömet från Pincus Ättlingar. Han brukade offra på ett stenaltare. Han var 50 år gammal, utrustad med rikedom och ansvarig för Israels barns skattkammare. …,
han erbjöd ett offer på altaret, men utan salt, som om han var ouppmärksam. När den store översteprästen Ozzi lärde sig om detta och fann att offret inte accepterades, förnekade han honom grundligt; och det är (ens) sagt att han tillrättavisade honom.
därpå reste han och gruppen som sympatiserade med honom, steg i revolt och genast satte han och hans anhängare och hans djur iväg för Shiloh. Således splittrade Israel i fraktioner. Han skickade till sina ledare att säga till dem, alla som vill se underbara saker, låt honom komma till mig., Sedan samlade han en stor grupp runt honom i Shiloh och byggde ett tempel för sig själv där; han byggde en plats som templet (på Mount Gerizim). Han byggde ett altare och utelämnade ingen detalj – allt motsvarade originalet, bit för bit.
Vid denna tidpunkt splittrades Israels barn i tre fraktioner. En lojal fraktion på berget Gerizim; en kättersk fraktion som följde falska gudar; och fraktionen som följde Eli son till Yafni i Shiloh.,
vidare tros Samaritan Chronicle Adler, eller New Chronicle, ha komponerats på 1700-talet med tidigare krönikor som källor, säger:
och Israels barn i sina dagar uppdelade i tre grupper. Man gjorde enligt icke-judarnas styggelser och tjänade andra gudar; en annan följde Eli yafnis son, även om många av dem vände sig bort från honom efter att han hade avslöjat sina avsikter; och en tredjedel förblev hos översteprästen Uzzi ben Bukki, den utvalda platsen.,
den traditionella judiska berättelsen om 2 kungar och Josefus, har det att Israels folk avlägsnades av kungen av assyrierna (Sargon II) till Halah, till Gozan på Khaburfloden och till städerna Medes. Kungen av assyrierna, vi får då veta, Sedan förde människor från Babylon, Kutha, Avah, Emath och Sepharvaim att bosätta sig i Samaria. Eftersom Gud sände lejon bland dem för att döda dem, skickade kungen av assyrierna en av prästerna från Bethel för att lära de nya bosättarna om Guds förrättningar., Det slutliga resultatet var att de nya bosättarna dyrkade både landets Gud och sina egna gudar från de länder från vilka de kom.
moderna genetiska studier (2004) tyder på att Samaritanernas lineages spårar tillbaka till en gemensam förfader med judar i det fadernally-ärftliga judiska hög prästadömet (Cohanim) temporalt nära perioden för den assyriska erövringen av Israels rike, och är förmodligen efterkommande till den historiska israelitiska befolkningen, om än isolerad med tanke på folks tillbakadragna historia., Detta kastar tvivel i, om inte helt motbevisar, denna historiska teori att samaritaner härstammar från Assyrien.
dessutom rullar Döda havet 4Q372, som berättar hoppet om att de norra stammarna kommer att återvända till Josefs land, säger att de nuvarande invånarna i norr är dårar, ett fiendefolk, men hänvisar inte uttryckligen till dem som utlänningar. Det fortsätter att säga att dessa människor, samariterna, hånade Jerusalem och byggde ett tempel på en hög plats (Gerizim) för att provocera Israel.,
konflikter mellan samaritanerna och Judarna var många mellan slutet av den assyriska diasporan och Bar Kokhba-revolten. Judisk historiografi beskriver flera anstiftan från den samaritiska befolkningen mot judarna och nedvärderar dem, och Jesu liknelse om den barmhärtige samariten ger också bevis på konflikt. Förstörelsen av Mount Gerizims samaritiska tempel tillskrivs översteprästen John Hyrcanus.
Efter de misslyckade revolterna, Mount Gerizim rededicated med ett nytt tempel, som slutligen förstördes igen under samarit revolterna., Förföljelse av samaritaner var vanligt under de följande århundradena.