ordförande för Konfederationen
den 21 januari 1861, 12 dagar efter Mississippi utträdde, Davis gjorde ett rörligt avskedstal i Senaten och vädjade vältaligt för fred. Innan han nådde sin Brierfield plantation, han fick i uppdrag en generalmajor att leda Mississippi ’ s väpnade styrkor och förbereda sitt försvar, men inom två veckor konfedererade konventionen i Montgomery, Alabama, valde honom som provisorisk president för Konfederationen. Davis blev förvånad över nyheten om hans val., Till skillnad från många sydliga ledare hade han förväntat sig krig och hoppades bli befälhavare för de södra arméerna. I sitt inledande tal den 18 februari 1861 sa Davis, delvis,
Karim Shamsi-Basha/Alabama Bureau of Tourism & resa
jag går in på det kontor som jag har valts till med hopp om att början av vår karriär som konfederation kanske inte kommer att bli en hindras av fientligt motstånd mot vår njutning av den separata existens och oberoende vi har hävdat, och som, med välsignelse av försyn, vi har för avsikt att upprätthålla.
hans första handling var att skicka en fredskommission till Washington, DC, för att förhindra en väpnad konflikt. Lincoln vägrade att se sina sändebud och nästa månad bestämde sig för att skicka beväpnade fartyg till Charleston, South Carolina, för att leverera den beleaguered Union garrison på Fort Sumter. Davis beställde motvilligt bombardemanget av fortet (12-13 April), vilket markerade början på det amerikanska inbördeskriget. Två dagar senare krävde Lincoln 75 000 volontärer, ett drag som ledde till utbrytningen av Virginia och tre andra stater från unionen.,
Davis stod inför en svår kris. En president utan prejudikat, han var tvungen att forma en helt ny nation mitt i ett krig., Med endast en fjärdedel av den vita befolkningen i de nordliga staterna, med en liten del av Nordens tillverkningskapacitet, och med sämre järnvägar, ingen marin, inga pulverfabriker, inget varv och en skrämmande brist på vapen och utrustning, var Söder i dåligt skick för att motstå invasion. Men vid Bull Run (Manassas, Virginia) den 21 juli 1861 dirigerade konfederationerna fackliga styrkor. Under tiden, med provisoriska material, skapade Davis fabriker för att producera pulver, kanon, sidovapen och quartermaster butiker., I restaurerade Skeppsvarv byggdes gunboats, och Syd: s otillräckliga järnvägar och rullande materiel lappades upp upprepade gånger. Davis skickade agenter till Europa för att köpa vapen och ammunition, och han skickade representanter för att försöka säkra erkännande från England och Frankrike.
Davis gjorde det inspirerade valet av Robert E. Lee som befälhavare för armén i norra Virginia i juni 1862. Medan Davis militära dom var ibland fel, han klokt gav Lee bred räckvidd i att genomföra kriget under de kommande tre åren., Kanske var Davis allvarligaste misstag som överbefälhavare den överdrivna vikt han fäster vid att försvara konfedererade huvudstaden i Richmond, Virginia, på bekostnad av operationer längre västerut, inklusive försvaret av key Confederate fortress vid Vicksburg, Mississippi.
Davis hade otaliga problem under sitt ordförandeskap, inklusive en käbblande kongress, en dissidentvicepresident, Alexander H. Stephens och den ständiga oppositionen av extrema staternas rättigheter förespråkare, såsom North Carolina Gov., Zebulon Vance, som protesterade kraftigt mot värnplikten lag han hade antagit över mycket motstånd i 1862. Men trots en gradvis förvärrad militär situation, obevekliga interna politiska spänningar, en fortsatt brist på arbetskraft och beväpning och skyhög inflation, förblev han beslutsam i sin beslutsamhet att fortsätta kriget, och Lee förblev både sin mest värdefulla fältchef och hans mest lojala personliga supporter., Även under belägringen av Petersburg, när Lees armé var immobiliserad och svältande, hävdade Davis till en publik i Richmond den 6 februari:
låt oss sedan förena våra händer och våra hjärtan.,… Vi kan mycket väl tro att innan en annan sommarsolståndet faller över oss, kommer det att vara fienden som kommer att be oss om konferenser.