inom det första decenniet av högsta kansler Palpatine styre, Greve Dooku framstod som ansiktet på separatiströrelsen, samla system till hans sak-även om vissa planeter, såsom den strategiskt placerade handelsvärlden Eriadu, motstod hans böner. På Geonosis konspirerade han med andra ledare för att bygga en massiv droidarmé som skulle överväldiga Republiken. Han blev dock förvånad över att Obi-Wan Kenobi hade tagit sig till systemet medan han var på uppdrag., När Jedi fångades hävdade Dooku att han var glad att träffa honom – som den tidigare mästaren av Qui-Gon Jinn hade Dooku bara hört bra saker om Obi-Wan-och bad om hans hjälp. Anledningen till att Dooku gick med i separatisterna, sa han, var att han lärde sig en fruktansvärd sanning: en Sith-Herre som heter Darth Sidious kontrollerade senaten. Med Obi-Wan vid Hans sida kan de förstöra Sith. ”Jag kommer aldrig att gå med dig, Dooku,” sa Jedi. Dooku kallt vänster Obi-Wan i sin cell.,
senare planerade Dooku och Geonosierna att utföra Obi-Wan, liksom Anakin Skywalker och Padmé Amidala, i sin massiva arena. De tre stavade av djuren som släpptes ut på dem, men som gav Jedi och deras nya klonarmé tid att arrangera en attack. Således markerade början på Klonkrigen, med båda sidor som lider stora förluster.
i sitt försök att fly Red Dooku en speeder till en närliggande hangar men följdes av Obi-Wan och Anakin., Separatistledaren antände en rödbladdad ljussabel-bevis på att han faktiskt hade vänt Sith-och slog Anakin med ett kraftfullt skott av kraft blixtnedslag. Arrogant och ivrig efter strid, han hånade dem båda, slutligen skadade Obi – Wan och avbröt Anakins högra arm. Redo att avsluta Jedi slutade Dooku när han hörde bekanta fotspår: Yoda hade kommit fram. Sith hävdade att vara kraftfullare än någon Jedi, men Yoda absorberade lätt sin kraft blixtattack. ”Mycket att lära dig har du fortfarande,” sa han., Med det kämpade de två en rasande ljussabel duell, som slutade med Dooku som gjorde en hastig utgång. ”Det här är bara början”, varnade han. Den tidigare Jedi flydde systemet och landade i en omärkt bostad på Coruscant, hälsad av den onda Darth Sidious. ”Jag har goda nyheter för dig, min Herre,” sa han. ”Kriget har börjat.”