den koloniala stadgan om Savannah förbjöd romerska katoliker att bosätta sig i staden. De Engelska förvaltarna fruktade att katoliker skulle vara mer lojala mot de spanska myndigheterna i Florida än den engelska regeringen i Georgien, men detta förbud bleknade strax efter den amerikanska revolutionen. Kyrkans församling omorganiserades omkring 1796. Franska katolska émigrés etablerade den första kyrkan 1799 efter att de flydde Haiti efter slavuppror som började på den karibiska ön 1791., Det blev huvudkyrkan för gratis svarta från Haiti i början av 1800-talet. Byggandet började på den nya katedralen Johannes Döparen 1859. Strukturen förstördes nästan av eld 1898 men genom flitiga ansträngningar byggdes 1899. Cathedral Basilica of St John the Baptist var den första byggnaden i Georgien konstruerad av tegel. Den har 81 glasmålningar, 16 gargoyles, är 214 fot lång med en takhöjd på 96 fot, tog över 90.000 koppar naglar och 45.000 skiffer att konstruera.,
församlingen byggde sin första kyrka på Liberty Square 1779 och 1811, välj en plats på Drayton och Perry gator för en större byggnad. Biskop John England av stiftet Charleston, som omfattade Savannah, invigde den nya kyrkan den 1 April 1839. Påven Pius IX grundade Savannahs stift i juli 1850 och församlingen började planera för en ny katedral på Lafayette Square 1870 under Savannahs fjärde biskop, Den högra Pastor Ignatius Persico., De flesta Pastor James Roosevelt Bayley, Ärkebiskop av Baltimore, presiderade vid invigningen av den Neo-Gotiska fristad 30 April 1876. Tegelstrukturen saknade emellertid spiror som inte tillsattes förrän 1896 när den också fick en beläggning av stuckatur och whitewash.
den 6 februari 1898 svepte en brand byggnaden och lämnade bara väggarna och tornen, men församlingen återuppbyggde snabbt och kunde fira Julmassan i den nya anläggningen 1899. Men återigen var strukturen inte komplett och inredning tog ytterligare 13 år., Glasmålningar installerades runt 1904. Församlingen genomförde efterföljande renoveringsprojekt 1959-1965, som behandlade värme -, kyl-och belysningssystem och dekoration; 1984-1985, för att förstärka strukturella stiftelser och genomföra ändringar som föreslagits av andra Vatikanrådet och 1998-2000 för att installera ny Takläggning, och återställa den ursprungliga inre färgpalett och dekorationer.
påven Francis höjde kyrkans status till mindre basilika år 2020.