Global Alignment
global alignment tools creați o aliniere end-to-end a secvențelor care urmează să fie aliniate.
needle (EMBOSS)
EMBOSS Needle creează o aliniere globală optimă a două secvențe folosind algoritmul Needleman-Wunsch.
lansarea acului
Stretcher (EMBOSS)
EMBOSS Stretcher utilizează o modificare a algoritmului Needleman-Wunsch care permite secvențe mai mari să fie aliniate la nivel global.,
lansare targă
aliniere locală
instrumente de aliniere locală găsiți unul sau mai multe aliniamente care descriu cele mai similare regiuni din secvențele care trebuie aliniate. Ele pot alinia secvențele de proteine și nucleotide.
apa (EMBOSS)
apa EMBOSS folosește algoritmul Smith-Waterman (modificat pentru îmbunătățirea vitezei) pentru a calcula alinierea locală a două secvențe. matcher (EMBOSS)
EMBOSS Matcher identifică asemănările locale între două secvențe folosind un algoritm riguros bazat pe aplicația LALIGN.,
lansarea Matcher
LALIGN
LALIGN găsește duplicări interne prin calcularea aliniamentelor locale care nu se intersectează cu secvențele de proteine sau ADN.
lansarea LALIGN