Președintele Confederației
Pe 21 ianuarie 1861, la 12 zile după Mississippi s-a separat, Davis a făcut o mișcare discurs de adio în Senat și a pledat elocvent pentru pace. Înainte de a ajunge sa Brierfield plantație, el a fost comandat de un general-maior la cap Mississippi forțelor armate, să-și pregătească apărarea, dar în termen de două săptămâni Confederate Convenție în Montgomery, Alabama, l-a ales ca președinte provizoriu al Confederației. Davis a fost surprins de vestea alegerii sale., Spre deosebire de mulți lideri sudici, el se aștepta la război și spera să devină comandantul șef al armatelor sudice. În discursul său inaugural pe data de 18 februarie 1861, Davis a spus că, în parte,
Am intra pe sarcinile de la birou pentru care am fost ales cu speranța că la începutul carierei noastre ca o Confederație nu poate fi obstrucționată de ostil opoziția față de bucuria noastră de existență separată și independența ne-am afirmat, și care, cu binecuvântarea Providenței, ne-am propus să se mențină.
primul său act a fost să trimită o comisie de pace la Washington, D. C.,, pentru a preveni un conflict armat. Lincoln a refuzat să-și vadă emisarii și luna următoare a decis să trimită nave armate la Charleston, Carolina de Sud, pentru a reaproviziona garnizoana Uniunii asediată la Fort Sumter. Davis a ordonat cu reticență bombardarea fortului (12-13 aprilie), care a marcat începutul Războiului Civil American. Două zile mai târziu, Lincoln a cerut 75.000 de voluntari, o mișcare care a dus la secesiunea Virginiei și a altor trei state din Uniune.,
Davis-a confruntat cu o cumplită criză. Un președinte fără precedent, a trebuit să formeze o națiune nou-nouță în mijlocul unui război., Cu doar un sfert din populația albă a statelor nordice, cu o mică parte din capacitatea de producție a Nordului și cu căi ferate inferioare, fără marină, fără mori de pulbere, fără șantier naval și o lipsă îngrozitoare de arme și echipamente, sudul era într-o stare proastă pentru a rezista invaziei. Dar la Bull Run (Manassas, Virginia) pe 21 iulie 1861, confederații au dirijat forțele Uniunii. Între timp, cu materiale improvizate, Davis a creat fabrici pentru producerea de pulberi, tunuri, arme laterale și magazine de intendență., În șantierele navale restaurate au fost construite Bărci cu arme, iar căile ferate inadecvate din sud și materialul rulant au fost reparate în mod repetat. Davis a trimis agenți în Europa pentru a cumpăra arme și muniții și a trimis reprezentanți pentru a încerca să obțină recunoașterea din Anglia și Franța.Davis a făcut alegerea inspirată a lui Robert E. Lee ca comandant al Armatei din Virginia de Nord în iunie 1862. În timp ce judecata militară a lui Davis a fost ocazional de vină, el i-a oferit cu înțelepciune lui Lee o gamă largă de posibilități în conducerea războiului în următorii trei ani., Poate cea mai gravă greșeală a lui Davis ca comandant suprem a fost importanța excesivă pe care a acordat-o apărării Capitalei Confederate de la Richmond, Virginia, în detrimentul operațiunilor mai îndepărtate spre vest, inclusiv apărarea fortăreței Confederate cheie de la Vicksburg, Mississippi.
Davis a avut nenumărate probleme în timpul președinției sale, inclusiv o cearta Congres, un disident vice-președinte, Alexandru H. Stephens, și opoziția constantă de extremă drepturile statelor avocaților, cum ar fi Carolina de Nord Gov., Zebulon Vance, care a obiectat viguros la Legea conscripției el a adoptat peste mult opoziție în 1862. Dar, în ciuda treptat la agravarea situației militare, unrelieved tensiunile politice interne, în continuare, lipsa de forță de muncă și armament, și exorbitante inflației, el a rămas neclintit în hotărârea sa de a continua războiul, și Lee a rămas cel mai valoros comandant de câmp și cel mai fidel susținător personal., Chiar și în timpul asediului de la Petersburg, când armata lui Lee a fost imobilizat și foame, Davis a afirmat la o audiență în Richmond pe 6 februarie:
Să ne unim mâinile și inimile noastre.,…Am putea crede că înainte ca un alt solstițiu de vară să cadă asupra noastră, inamicul va fi cel care ne va cere conferințe.