Isabella a fost căsătorită cu regele Ioan al II-lea al Castiliei ca a doua soție. Prima sa soție, Maria de Aragon, i-a dat patru copii, deși numai unul, viitorul Henric al IV-lea al Castiliei, supraviețuise. Henric a fost unit cu Blanche al II-lea de Navarra într-o căsătorie neconsumată timp de șapte ani și a fost numit „El Impotente.”Din această cauză, John a decis să caute o altă soție, de preferință cu o prințesă franceză., Cu toate acestea, consilierul său de încredere și prietenul Alvaro de Luna a decis o alianță portugheză a fost mai bine politic, și a negociat un meci cu mult mai tineri Isabella. Cei doi s-au căsătorit la 22 iulie 1447, când Ioan avea 42 de ani, iar Isabella 19.
Conflict cu de LunaEdit
Stema Isabela de Portugalia ca Regină a Castiliei.
De Luna a dominat regele de când era tânăr și, fără îndoială, se aștepta ca acest lucru să continue după căsătorie., De Luna a încercat să o controleze și pe tânăra regină, mergând chiar până la încercarea de a limita cuplajele dintre regele amoros și mireasa sa. Isabella a luat excepție de la influența lui de Luna asupra soțului ei și a încercat să-l convingă pe soțul ei să elimine acest favorit.zvonurile că de Luna ar fi încercat s-o otrăvească pe Isabella și că ar fi otrăvit-o și ucis-o pe predecesoarea ei, Maria de Aragon, persistă și astăzi. Isabella, fiind conștientă de acest lucru, și-a pus sarcina de a convinge regele să fie de acord să se scape de de Luna.,
ea a avut puțin succes până după nașterea din 1451 a fiicei sale și a omonimului care avea să devină Isabella I a Castiliei. Închisoarea reginei a fost lungă și dificilă.în 1453, de Luna L-a aruncat pe fereastră pe nobilul Alfonso Pérez de Vivero. Isabella a folosit acest lucru ca pârghie și l-a convins pe rege să-l aresteze și să-l judece. Regele Ioan a făcut așa cum a cerut soția sa, iar de Luna a fost executat.moartea favoritului său l-a întristat pe rege, iar sănătatea lui a început să scadă rapid., La 15 noiembrie 1453, Isabella a născut un fiu, Alfonso, iar opt luni mai târziu, Ioan a fost pe patul de moarte, expirând în cele din urmă la 20 iulie 1454. Henric al IV-lea, recent divorțat de Blanche, a devenit rege.