Carta colonială a Savannah a interzis romano-catolicilor să se stabilească în oraș. Administratorii englezi se temeau că catolicii ar fi mai loiali autorităților spaniole din Florida decât guvernului englez din Georgia, însă această interdicție a dispărut la scurt timp după Revoluția Americană. Congregația bisericii a fost reorganizată în jurul anului 1796. Emigranții catolici francezi au înființat prima biserică în 1799, după ce au fugit din Haiti după revoltele sclavilor care au început pe insula Caraibelor în 1791., A devenit biserica principală pentru negrii liberi din Haiti la începutul secolului al XIX-lea. Construcția a început pe noua Catedrală a Sfântului Ioan Botezătorul în 1859. Structura a fost aproape distrusă de incendiu în 1898, dar prin eforturi diligente a fost reconstruită până în 1899. Ioan Botezătorul a fost prima clădire din Georgia construită din cărămidă. Dispune de 81 de vitralii, 16 gargui, are 214 picioare înălțime, cu o înălțime a acoperișului de 96 de picioare, a preluat 90.000 de cuie de cupru și 45.000 de plăci de construit.,Congregația și-a construit prima biserică în Piața Libertății în 1779, iar în 1811 a ales un sit pe străzile Drayton și Perry pentru o clădire mai mare. Episcopul Ioan Anglia al Diecezei de Charleston, care cuprindea Savannah, a consacrat noua biserică la 1 aprilie 1839. Papa Pius al IX-lea a înființat Eparhia de Savannah în iulie 1850, iar Congregația a început să planifice o nouă catedrală în Piața Lafayette în 1870, sub al patrulea Episcop al Savannah, Reverendul Ignatius Persico., Majoritatea reverendului James Roosevelt Bayley, Arhiepiscop de Baltimore, a prezidat la dedicarea sanctuarului neogotic din 30 aprilie 1876. Cu toate acestea, structura de cărămidă nu avea turle care nu au fost adăugate până în 1896, când a primit, de asemenea, un strat de stuc și lapte de var.la 6 februarie 1898, un incendiu a cuprins clădirea și a lăsat doar zidurile și turnurile, însă Congregația s-a reconstruit rapid și a reușit să sărbătorească Liturghia de Crăciun în noua unitate în 1899. Dar, din nou, structura nu a fost completă, iar decorarea interioară a durat încă 13 ani., Vitraliile au fost instalate în jurul anului 1904. Parohia s-a angajat ulterior proiecte de renovare în 1959-1965, care a abordat încălzire, răcire și sisteme de iluminat și decor; 1984-1985, pentru consolidarea structurală a fundațiilor și pune în aplicare modificările propuse de către cel de-al Doilea Consiliu de la Vatican și 1998-2000 pentru a instala noi acoperișuri, și de a restabili original interior paleta de culori si decoratiuni.Papa Francisc a ridicat statutul bisericii la Basilica minor în 2020.