wyrównywanie Globalne
narzędzia do wyrównywania globalnego tworzą wyrównanie od końca do końca sekwencji do wyrównania.
igła (EMBOSS)
igła EMBOSS tworzy optymalne globalne wyrównanie dwóch sekwencji za pomocą algorytmu Needlemana-wunscha.
Launch Needleman
Stretcher (EMBOSS)
EMBOSS Stretcher wykorzystuje modyfikację algorytmu Needlemana-wunscha, która pozwala na globalne wyrównanie większych sekwencji.,
Uruchom nosze
wyrównanie lokalne
narzędzia wyrównywania lokalnego znajdują jedno lub więcej wyrównań opisujących najbardziej podobny region (- y) w sekwencjach, które mają być wyrównane. Mogą one wyrównywać sekwencje białek i nukleotydów.
Water (EMBOSS)
EMBOSS Water wykorzystuje algorytm Smitha-Watermana (zmodyfikowany dla ulepszeń prędkości) do obliczania lokalnego wyrównania dwóch sekwencji.
Launch Water
Matcher (EMBOSS)
EMBOSS Matcher identyfikuje lokalne podobieństwa między dwoma sekwencjami za pomocą rygorystycznego algorytmu opartego na aplikacji LALIGN.,
Launch Matcher
LALIGN
LALIGN znajduje wewnętrzne duplikacje, obliczając nie przecinające się lokalne wyrównania sekwencji białka lub DNA.
Uruchom LALIGN