Samarytanizm utrzymuje, że szczyt góry Gerizim jest prawdziwym miejscem świętym Boga, w przeciwieństwie do kamienia węgielnego na górze świątynnej, jak naucza Judaizm. Jako tacy, Samarytanie śledzą swoją historię jako oddzielną jednostkę od Żydów aż do czasów Mojżesza, gdzie wierzą, że Jozue położył podwaliny pod ich świątynię. Samarytańska historiografia wskazuje, że schizma dotyczy arcykapłana Eli porzucającego namiot Mojżesza na rzecz Góry Gerizim po śmierci Jozuego.,
Abu l-Fath, który w XIV wieku napisał główne dzieło historii Samarytan, komentuje pochodzenie Samarytan w następujący sposób:
wybuchła straszna wojna domowa między Eli synem Yafni, z linii Itamar, a synami Pinkusa (Pinehas), ponieważ Eli syn Yafni postanowił uzurpować sobie wysokie kapłaństwo od potomków Pinkusa. Składał ofiary na ołtarzu z kamieni. Miał 50 lat, był obdarzony bogactwem i zarządzał skarbcem dzieci Izraela. …,
złożył ofiarę na ołtarzu, ale bez soli, jakby był nieuważny. Kiedy Wielki arcykapłan Ozzi dowiedział się o tym i odkrył, że ofiara nie została przyjęta, całkowicie się go wyrzekł i jest (nawet) powiedziane, że go zgromił.
on i grupa, która mu współczuła, wzniecili bunt i od razu on i jego zwolennicy i jego bestie wyruszyli do Shiloh. W ten sposób Izrael podzielił się na frakcje. Posłał do ich przywódców, mówiąc do nich: każdy, kto chciałby zobaczyć wspaniałe rzeczy, niech przyjdzie do mnie., Następnie zgromadził wokół siebie dużą grupę w Shiloh i zbudował tam dla siebie świątynię; zbudował miejsce podobne do świątyni (na górze Gerizim). Zbudował ołtarz, nie pomijając żadnych szczegółów—wszystko odpowiadało oryginałowi, kawałek po kawałku.
w tym czasie dzieci Izraela podzieliły się na trzy frakcje. Lojalna frakcja na górze Gerizim; heretycka frakcja, która podążała za fałszywymi bogami; i frakcja, która podążała za Eli, synem Yafni w Shiloh.,
Dalej, Kronika Samarytańska Adler, czyli nowa Kronika, prawdopodobnie powstała w XVIII wieku przy użyciu wcześniejszych Kronik jako źródeł, stwierdza:
i dzieci Izraela w jego czasach podzielone na trzy grupy. Jeden postępował zgodnie z obrzydliwościami pogan i służył innym bogom; drugi poszedł za Helim, synem Yafniego, chociaż wielu z nich odwróciło się od niego po tym, jak ujawnił swoje zamiary; a trzeci pozostał u arcykapłana Uzziego ben Bukki, wybranego miejsca.,
tradycyjna żydowska opowieść o 2 królach i Józefie, mówi, że lud Izraela został usunięty przez króla asyryjskiego (Sargona II) do Halah, do Gozan nad rzeką Chabur i do miast Medów. Powiedziano nam, że król asyryjski sprowadził ludzi z Babilonu, Kutha, Awah, Emat i Sefarwaim, aby osiedlili się w Samarii. Ponieważ Bóg zesłał wśród nich lwy, aby je zabić, król Asyryjczyków wysłał jednego z kapłanów z Betel, aby nauczał nowych osadników o Bożych nakazach., W rezultacie nowi osadnicy czcili zarówno Boga ziemi, jak i własnych bogów z krajów, z których przybyli.
współczesne badania genetyczne (2004) sugerują, że linie Samarytan wywodzą się od wspólnego przodka z Żydami w dziedziczonym przez ojca żydowskim wyższym kapłaństwie (Cohanim) czasowo zbliżonym do okresu asyryjskiego podboju królestwa Izraela i są prawdopodobnie potomkami historycznej populacji Izraelitów, aczkolwiek odizolowanymi ze względu na ich odosobnioną historię., To stawia w wątpliwość, jeśli nie całkowicie obala, tę historyczną teorię, że Samarytanie wywodzili się z Asyrii.
ponadto zwój z Morza Martwego 4Q372, który opowiada o nadziei, że północne plemiona powrócą do ziemi Józefa, zauważa, że obecni mieszkańcy Północy są głupcami, wrogim narodem, ale nie określa ich wyraźnie jako cudzoziemców. Dalej mówi się, że ci ludzie, Samarytanie, wyśmiewali Jerozolimę i zbudowali świątynię na wysokim miejscu (Gerizim), aby sprowokować Izrael.,
konflikty między Samarytanami a Żydami były liczne między końcem asyryjskiej diaspory a buntem Bar Kokhby. Historiografia żydowska opisuje liczne podżegania ludności Samarytańskiej przeciwko Żydom i dyskredytuje je, a przypowieść Jezusa o dobrym Samarytaninie również daje dowody konfliktu. Zniszczenie Samarytańskiej świątyni Gerizima przypisuje się Arcykapłanowi Janowi Hyrcanusowi.
po nieudanych rewoltach Góra Gerizim została odnowiona z nową świątynią, która ostatecznie została ponownie zniszczona podczas samarytańskich rewolt., Prześladowania Samarytan były powszechne w następnych wiekach.