Prezydent Konfederacji
21 stycznia 1861 roku, 12 dni po secesji Missisipi, Davis wygłosił wzruszającą mowę pożegnalną w Senacie i błagał elokwentnie o pokój. Zanim dotarł do plantacji Brierfield, został mianowany generałem majorem, który miał dowodzić siłami zbrojnymi Missisipi i przygotowywać jej obronę, ale w ciągu dwóch tygodni Konwent Konfederacji w Montgomery w Alabamie wybrał go na tymczasowego prezydenta Konfederacji. Davis był zaskoczony wiadomością o swoim wyborze., W przeciwieństwie do wielu przywódców południa, spodziewał się wojny i miał nadzieję stać się głównodowodzącym armii południa. W swoim inauguracyjnym przemówieniu 18 lutego 1861 roku, Davis powiedział częściowo,
Encyclopædia Britannica, Inc.,
Karim Shamsi-Basha/Alabama Biuro Turystyki & Podróże
wchodzę na obowiązki biura, które zostałem wybrany z nadzieją, że początek naszej kariery jako Konfederacji nie może być utrudniony przez wrogi sprzeciw wobec korzystania z odrębnej egzystencji i niezależności, którą zapewniliśmy, i którą z błogosławieństwem Opatrzności zamierzamy utrzymać.
,, aby zapobiec konfliktowi zbrojnemu. Lincoln odmówił spotkania się ze swoimi wysłannikami i w następnym miesiącu postanowił wysłać uzbrojone statki do Charleston w Karolinie Południowej, aby zaopatrzyć oblężony garnizon Unii w Fort Sumter. Davis niechętnie nakazał bombardowanie Fortu (12-13 kwietnia), co oznaczało początek amerykańskiej wojny secesyjnej. Dwa dni później Lincoln wezwał 75 000 ochotników, co doprowadziło do secesji Wirginii i trzech innych stanów z Unii.,
LC-DIG-pga-01584)
Prezydent bez precedensu, musiał ukształtować zupełnie nowy naród w środku wojny., Z zaledwie jedną czwartą ludności białej w północnych stanach, z niewielką częścią zdolności produkcyjnych północy, z gorszymi liniami kolejowymi, bez marynarki, bez młynów prochowych, bez stoczni, i przerażający brak broni i sprzętu, Południe było w złym stanie, aby wytrzymać inwazję. Jednak pod Bull Run (Manassas, Wirginia) 21 lipca 1861 roku Konfederaci rozgromili Siły Unii. W międzyczasie, przy użyciu prowizorycznych materiałów, Davis stworzył fabryki do produkcji prochu, armat, broni bocznych i magazynów kwatermistrzowskich., W odrestaurowanych stoczniach morskich budowano kanonierki, a na południu wielokrotnie naprawiano nieodpowiednie tory kolejowe i tabor. Davis wysłał agentów do Europy, aby kupowali broń i amunicję, i wysłał przedstawicieli, aby starali się uzyskać uznanie od Anglii i Francji.
Davis dokonał natchnionego wyboru Roberta E. Lee na dowódcę Armii Północnej Wirginii w czerwcu 1862 roku. Podczas gdy osąd Wojskowy Davisa okazjonalnie zawinił, mądrze dał Lee szerokie pole do prowadzenia wojny przez następne trzy lata., Prawdopodobnie największym błędem Davisa jako głównodowodzącego była nadmierna waga, jaką przywiązywał do obrony stolicy Konfederacji w Richmond w stanie Wirginia, kosztem operacji dalej na zachód, w tym obrony kluczowej fortecy Konfederacji w Vicksburgu w stanie Missisipi.
Davis miał niezliczone problemy podczas swojej prezydentury, w tym kłótliwy Kongres, dysydent wiceprezydent, Alexander H. Stephens, i ciągły sprzeciw zwolenników praw skrajnych państw, takich jak North Carolina Gov., Zebulon Vance, który energicznie sprzeciwiał się prawu poboru, które uchwalił w 1862 roku. Pomimo pogarszającej się sytuacji militarnej, nieustających wewnętrznych napięć politycznych, ciągłego braku siły roboczej i uzbrojenia oraz rosnącej inflacji, Lee pozostał zdecydowany w swojej determinacji do kontynuowania wojny, a jego najcenniejszym dowódcą polowym i najwierniejszym osobistym zwolennikiem., Nawet podczas oblężenia Petersburga, gdy Armia Lee została unieruchomiona i wygłodzona, Davis zapewnił audiencję w Richmond 6 lutego:
Encyclopædia Britannica, Inc.
zjednoczmy więc nasze ręce i nasze serca.,… Możemy wierzyć, że zanim nastanie kolejne przesilenie letnie, to wróg będzie nas zapraszał na konferencje.