w pierwszej dekadzie rządów Najwyższego Kanclerza Palpatine ' a, Hrabia Dooku pojawił się jako twarz ruchu separatystycznego, gromadzącego systemy do swojej sprawy-chociaż niektóre planety, takie jak strategicznie położony świat handlu Eriadu, oparły się jego prośbom. Na Geonosis, spiskował z innymi przywódcami, aby zbudować potężną armię droidów, która mogłaby przytłoczyć Republikę. Był zaskoczony tym, że Obi-Wan Kenobi dotarł do systemu podczas misji., Kiedy Jedi został schwytany, Dooku twierdził, że jest zadowolony z jego spotkania – jako były mistrz Qui-Gon Jinn, Dooku słyszał tylko dobre rzeczy o Obi-wanie – i poprosił go o pomoc. Powodem, dla którego Dooku przyłączył się do separatystów, było to, że nauczył się strasznej prawdy: Lord Sithów o imieniu Darth Sidious kontrolował Senat. Z Obi-Wanem u boku, mogą zniszczyć Sithów. – Nigdy do ciebie nie dołączę, Dooku-powiedział Jedi. Dooku chłodno zostawił Obi-Wana w celi.,później Dooku i Geonosianie planowali zabić Obi-Wana, a także Anakina Skywalkera i Padmé Amidalę, na swojej ogromnej arenie. Jednak trójka uwolniła bestie, co dało Jedi i ich nowej armii klonów czas na zorganizowanie ataku. W ten sposób rozpoczęła się wojna klonów, w której obie strony poniosły ciężkie straty. w tym samym czasie Dooku i Anakin wyruszyli w pościg za Obi-Wanem., Przywódca separatystów zapalił miecz świetlny o czerwonych ostrzach-dowód na to, że w rzeczywistości obrócił Sithów – i uderzył Anakina potężnym strzałem błyskawicy mocy. Arogancki i chętny do walki, szydził z nich obu, ostatecznie raniąc Obi-Wana i przecinając prawą rękę Anakina. Gotowy do wykończenia Jedi, Dooku zatrzymał się, gdy usłyszał znajome kroki: Yoda przybył. Sithowie twierdzili, że są potężniejsi od Jedi, ale Yoda z łatwością wchłonął jego błyskawiczny atak. „Wiele się jeszcze nauczyłeś” – powiedział., Obaj stoczyli pojedynek na miecze świetlne, który zakończył się szybkim wyjściem Dooku. – To dopiero początek-ostrzegł. Były Jedi uciekł z systemu i wylądował w nieoznakowanym mieszkaniu na Coruscant, witany przez złego Dartha Sidiousa. „Mam dla Ciebie dobrą wiadomość, mój panie”, powiedział. „Rozpoczęła się wojna.”