Jeśli dziecko zostanie zdiagnozowane i leczone w ciągu pierwszych kilku miesięcy życia, zanim dziecko ma poważną infekcję, to wskaźnik długoterminowego przeżycia wynosi ponad 90%. Przy wczesnym leczeniu, większość dzieci z SCID powinny być w stanie rozwijać swój własny system odpornościowy pracy. Najlepszy przebieg leczenia dziecka z SCID zależy od kilku czynników, w tym rodzaju SCID, zdrowia dziecka, i zalecenia lekarza.,
większość niemowląt z SCID jest leczona HSCT, czyli przeszczepem szpiku kostnego, co skutkuje nowym układem odpornościowym zdolnym do zwalczania infekcji. W HSCT lekarze biorą zdrowe komórki krwiotwórcze, które mogą przekształcić się w zdrowy układ odpornościowy od dawcy i umieścić je w dziecku. Komórki dawcy zapewniają dziecku układ odpornościowy.
inną mniej powszechną, ale obiecującą opcją leczenia jest terapia genowa, która jest obecnie w badaniach klinicznych. W terapii genowej, lekarze wyodrębnić dziecko wadliwych komórek krwiotwórczych, skorygować defekt, i umieścić skorygowane komórki z powrotem do dziecka., Naprawione komórki zapewniają dziecku działający układ odpornościowy.
trzeci zabieg, enzymatyczna terapia zastępcza 
, może być stosowany tylko u dzieci z ADA-SCID. W enzymatycznej terapii zastępczej brakujący enzym jest regularnie wstrzykiwany dziecku w celu zwiększenia aktywności enzymu ADA. Wyniki są tymczasowe i nie trwale naprawić układ odpornościowy. Ostatecznie dzieci z ADA-SCID będzie wymagać albo HSCT lub terapii genowej dla długoterminowych wyników.,
przed tymi zabiegami dziecko z SCID rozpocznie proces leczenia, biorąc antybiotyki, leki przeciwwirusowe i przeciwgrzybicze w celu odparcia infekcji. Dziecko otrzyma również terapię immunoglobulinową, lub Ig, wlew przeciwciał mający na celu wzmocnienie układu odpornościowego dziecka. Ig jest uzyskiwany przez dawców osocza ludzkiego.