kolonialna karta Savannah zakazała Rzymskim katolikom osiedlania się w mieście. Angielscy powiernicy obawiali się, że katolicy będą bardziej lojalni wobec władz hiszpańskich na Florydzie niż wobec rządu angielskiego w Georgii, jednak zakaz ten wygasł wkrótce po Rewolucji Amerykańskiej. Zbór Kościoła został zreorganizowany około 1796 roku. Francuscy emigranci katoliccy założyli pierwszy kościół w 1799 po tym, jak uciekli z Haiti po buntach niewolników, które rozpoczęły się na wyspie karaibskiej w 1791., Stał się głównym kościołem dla wolnych Murzynów z Haiti na początku XIX wieku. Budowę nowej katedry św. Jana Chrzciciela rozpoczęto w 1859 roku. Budynek został prawie zniszczony przez pożar w 1898 roku, ale dzięki staraniom został odbudowany do 1899 roku. Bazylika Katedralna św. Jana Chrzciciela była pierwszą budowlą w Gruzji zbudowaną z cegły. Posiada 81 witraży, 16 gargulców, ma 214 stóp wysokości z wysokości dachu 96 stóp, wziął ponad 90,000 miedzianych gwoździ i 45,000 listwy do budowy.,
Kongregacja zbudowała swój pierwszy kościół na Placu Wolności w 1779 r., a w 1811 r. wybrała miejsce przy ulicach Drayton i Perry pod większy budynek. Biskup John England z diecezji Charleston, która obejmowała Savannah, konsekrował nowy kościół 1 kwietnia 1839. Papież Pius IX ustanowił diecezję Savannah w lipcu 1850 roku, a Kongregacja zaczęła planować nową katedrę na Lafayette Square w 1870 roku pod przewodnictwem czwartego biskupa Savannah, prawowitego wielebnego Ignatius Persico., Wielebny James Roosevelt Bayley, Arcybiskup Baltimore, przewodniczył poświęceniu neogotyckiego Sanktuarium 30 kwietnia 1876. Jednak Ceglanej konstrukcji brakowało iglic, które nie zostały dodane do 1896 roku, kiedy również otrzymał powłokę stiuku i bielenia.
6 lutego 1898 r.pożar pochłonął budynek i pozostawił tylko mury i wieże, jednak Kongregacja szybko się odbudowała i w 1899 r. mogła odprawić Mszę bożonarodzeniową w nowym obiekcie. Ponownie jednak konstrukcja nie była kompletna, a dekoracja wnętrza zajęła dodatkowe 13 lat., Witraże zainstalowano około 1904 roku. W latach 1959-1965 Parafia podjęła kolejne prace remontowe, które dotyczyły systemów ogrzewania, chłodzenia i oświetlenia oraz dekoracji; w latach 1984-1985, wzmocnienia fundamentów konstrukcyjnych i wprowadzenia zmian zaproponowanych przez Sobór Watykański II oraz w latach 1998-2000, zainstalowania nowych pokryć dachowych oraz przywrócenia oryginalnej palety kolorów i dekoracji wnętrz.
w 2020 roku papież Franciszek podniósł status kościoła do rangi bazyliki mniejszej.