Tres Marías amazon at Cougar Mountain Zoological Park, Stany Zjednoczone
ten gatunek jest częścią kompleksu Amazona ochrocephala, który obejmuje również Amazonkę żółtogłową (A. auropalliata). Kompleks ten, który został nazwany „taksonomicznym bólem głowy”, jest uważany przez niektóre władze za pojedynczy gatunek, a przez inne za podzielony na trzy gatunki. Podział opiera się głównie na ilości żółtego upierzenia, barwie nóg i dzioba, bliskości A. oratrix i A., auropalliata w Oaxaca w Meksyku, bez widocznego krzyżowania, oraz obecność zarówno A. ochrocephala i A. auropalliata w północnym Hondurasie. Ta ocena została jednak zdezorientowana przez nieporozumienia dotyczące różnic w upierzeniu w populacjach w północnym Hondurasie, gdzie ptaki różnią się znacznie ilością żółtego na głowie, koronie i karku, ale mają Blade rachunki i młodociane upierzenie pasujące do A. oratrix, ale ani A. ochrocephala, ani A. auropalliata. W 1997 roku populację z Doliny Sula w północnym Hondurasie opisano jako nowy podgatunek, „hondurensis” z rodzaju A., oratrix. A. auropalliata caribaea na Islas De La Bahía, która jest stosunkowo bliska niedawno opisanemu A. oratrix hondurensis, może mieć stosunkowo bladą dolną żuchwę, co wskazuje, że przepływ genów może wystąpić między nimi. Jeśli zostanie to potwierdzone, może to sugerować, że te dwa są lepiej uważane za odrębne. Alternatywnie zasugerowano, że caribaea i parvipes, oba zwykle uważane za podgatunki A. auropalliata, mogą być bliżej A. oratrix niż nominat A. auropalliata. Oba są stosunkowo małe i mają czerwony na ramieniu jak A., oratrix, ale w przeciwieństwie do A. auropalliata. Członkowie tego kompleksu są znani z hybrydyzacji w niewoli, a niedawna analiza filogenetyczna DNA nie potwierdziła podziału na trzy „tradycyjne” gatunki biologiczne, ale ujawniła trzy klady, które potencjalnie mogą być podzielone na trzy gatunki filogenetyczne: Gatunek meksykański i środkowoamerykański( w tym panamensis, który rozciąga się nieznacznie w Ameryce Południowej), gatunek z Północnej Ameryki Południowej i gatunek z basenu Południowej Amazonii., Klad Ameryki Środkowej można podzielić na dwa monotypowe gatunki: panamensis (Amazonka panamska) i tresmariae (Amazonka panamska).
według tradycyjnego podziału, A. oratrix obejmuje taksony tresmariae (z Wysp Tres Marías), belizensis (Z Belize) i hondurensis (z Doliny Sula w północnym Hondurasie) jako podgatunki., Dodatkowy podgatunek, magna, był czasami rozpoznawany dla populacji na stoku Zatoki Meksykańskiej, ale dziś większość władz uważa go za nieważny, włączając tę populację w oratrix, która występuje również na stoku Pacyfiku w Meksyku. Natomiast populacja w północno-zachodnim Hondurasie i sąsiedniej wschodniej Gwatemali (w pobliżu Puerto Barrios), która przypomina A. oratrix belizensis i jest powszechnie zaliczana do tego podgatunku, może reprezentować podgatunek nieopisany., Czasami określano go mianem guatemalensis, ale do czasu oficjalnego opisania tej populacji nazwa ta pozostaje tymczasowa.
epitet gatunkowy „double yellow-headed” jest taki, że gatunek ten odróżnia się od innych w kompleksie Amazonek żółtogłowych, posiadając zarówno żółty kark, jak i żółtą koronę dwóch bliskich krewnych, stąd „double yellow” head.