Samaritanism mener at toppen av Fjellet Garisim er den sanne plasseringen av Guds Hellige Sted, i motsetning til den første Steinen på tempelhøyden som Jødedommen lærer. Som sådan, Samaritaner spore sin historie som en separat enhet fra Jødene tilbake til den tiden av Moses, der de tror Joshua la grunnlaget for sitt tempel. Samaritan historiografi spor etter den splittelsen seg til ypperstepresten Eli forlot Moses Tabernaklet i favør av Fjellet Garisim etter Josvas død.,
Abu l-Fath, som i det 14. århundret, skrev et stort verk av Samaritan historie, kommentarer på Samaritan opprinnelse som følger:
En forferdelig borgerkrig brøt ut mellom Eli sønn av Yafni, av linjen av Itamar, og sønner av Pincus (Pinehas), fordi Eli sønn av Yafni løst for å tilrive seg det Høye Prestedømme fra etterkommere av Pincus. Han brukte å ofre på et alter av stener. Han ble 50 år gammel, utrustet med rikdom og som har ansvar for egne Barn av Israel. …,
Han ofra takkoffer på alteret, men uten salt, som om han var inattentive. Når den Store øversteprest Ozzi lært av dette, og funnet det å ofre ble ikke akseptert, han grundig fornektet ham, og det er (selv) sa at han irettesatte ham.
Derpå han og gruppen som sympatiserte med ham, reiste seg i opprør og med en gang han og hans tilhengere og hans dyr som er satt av til Silo. Dermed Israel delt i fraksjoner. Han sendte til sine ledere sier til dem, Alle som ønsker å se fantastiske ting, la ham komme til meg., Da han samlet en stor gruppe rundt ham i Silo, og bygd et Tempel for seg selv der; han bygget et sted som Templet (på Fjellet Garisim). Han bygget et alter, og utelate noen detaljer—alt tilsvarte den opprinnelige, stykke for stykke.
På denne tiden av Barn av Israel delt i tre fraksjoner. En lojal fraksjon på Fjellet Garisim; en kjettersk fraksjon som fulgte falske guder; og de fraksjon som fulgte Eli sønn av Yafni i Silo.,
Videre, den Samaritanske Krønike Adler, eller Nye Krønike, antas å ha blitt komponert i det 18. århundre med tidligere kronikker som kilder, uttaler:
Og Israels Barn i sine dager delt inn i tre grupper. En fikk skikkene av Hedningefolkene og tjente andre guder, en annen som følges Eli sønn av Yafni, selv om mange av dem vendte seg bort fra ham etter at han hadde avslørt hans intensjoner, og en tredje vært med øvstepresten Ussi ben sonen bukki, valgt sted.,
Den tradisjonelle Jødiske fortellingen i 2. Kongebok og Josefus, har det at Israels folk ble fjernet av kongen av Assyrerne (Sargon II) til Halah, for å Gozan på Khabur Elven og til byene i Media. Kongen av Assyrerne, men da er vi fortalt, deretter brakt folk fra Babel, Kutha, Avah, Emath, og Sepharvaim til å bosette seg i Samaria. Fordi Gud har sendt løver iblandt dem for å drepe dem, kongen av Assyrerne sendte en av prestene fra Betel å lære nye innflyttere om Guds forordninger., Det endelige resultatet var at den nye innflyttere tilba både Gud av landet og sine egne guder fra land som de kom.
Moderne genetiske studier (2004) foreslår at Samaritanerne’ linjene spore tilbake til en felles stamfar med Jødene i paternally-arvet Jødiske høye prestedømme (Cohanim) timelig proximate til den perioden av den Assyriske erobringen av riket for Israel, og er sannsynligvis etterkommere av den historiske Israelitt befolkningen, selv om de isolert gitt menneskene er reclusive historie., Dette sår tvil til, hvis ikke helt disproves, dette historisk teori om at Samaritanerne stammer fra Assyria.
Videre, the Dead Sea bla 4Q372, som forteller om de håper at de nordlige stammene vil vende tilbake til landet av Joseph, en tale som de nåværende beboerne i nord er dårer, en fiende folk, men ikke eksplisitt referere til dem som utlendinger. Det går på å si at disse menneskene, Samaritaner, spottet Jerusalem og bygget et tempel på et høyt sted (Garisim) for å provosere Israel.,
Konflikter mellom Samaritanene og Jødene var mange mellom slutten av den Assyriske diaspora og Bar Kokhba-opprøret. Jødiske historiografi beskriver flere instigations fra Samaritan befolkningen mot Jødene og rakker ned på dem, og Jesus Lignelsen om den barmhjertige Samaritan gir også bevis for konflikt. Ødeleggelse av Fjellet Garisim er Samaritan tempel er knyttet til den Høye Presten John Hyrcanus.
Etter det mislykkede opprør, Fjellet Garisim ble innviet med et nytt tempel, som til slutt ble igjen ødelagt under den Samaritanske opprør., Forfølgelse av Samaritanene var vanlig i de følgende århundrer.