President i Konføderasjonen
På januar 21, 1861, 12 dager etter Mississippi løsrevet seg, Davis laget en rørende farvel tale i Senatet og tryglet veltalende for fred. Før han nådde sin Brierfield plantasjen, han ble bestilt en major general hodet Mississippi forsvaret, og forberede sitt forsvar, men innen to uker Confederate Convention i Montgomery, Alabama, valgte ham som midlertidig president i Konføderasjonen. Davis ble overrasket over nyheten om hans valg., I motsetning til mange Sørlige ledere, han hadde forventet krig og håpet å bli øverstkommanderende for Sør-hærer. I sin åpningstale på februar 18, 1861, sa Davis, i en del,
Jeg går inn på de oppgaver det embede jeg har blitt valgt med håp om at starten av vår karriere som Konføderasjonen kan ikke bli hindret av fiendtlig motstand til vår glede for egen eksistens og uavhengighet vi har hevdet, og som, med velsignelse av Providence, vi har til hensikt å opprettholde.
Hans første handling var å sende en fred kommisjonen til Washington, D.C., for å hindre en konflikt. Lincoln nektet å se sine utsendinger og den neste måneden bestemte seg for å sende væpnede skip til Charleston, South Carolina, å forsyne den beleirede Union garnisonen på Fort Sumter. Davis motvillig beordret bombardementet av fort (April 12-13), som markerte begynnelsen på den Amerikanske borgerkrigen. To dager senere Lincoln kalt for 75,000 frivillige, et trekk som førte til løsrivelse av Virginia og tre andre stater i Unionen.,
Davis overfor en akutt krise. En president uten presedens, han hadde til å forme et helt nytt nasjon som står midt i en krig., Med bare en fjerdedel av den hvite befolkningen i de Nordlige statene, med en liten brøkdel av Nord-produksjon kapasitet, og med dårligere jernbaner, ingen marinen, ikke pulver mills, ingen verftet, og en forferdelig mangel på våpen og utstyr, Sør var i dårlig stand til å stå imot invasjonen. Men ved Bull Run (Manassas, Virginia) 21. juli 1861, de Konfødererte rutet Union styrker. I mellomtiden, med provisorisk materiale, Davis opprettet fabrikker for produksjon av pulver, kanon, side armer, og quartermaster butikker., I restaurerte marinens verft kanonbåter ble bygget, og Sør er utilstrekkelig jernbaner og rullende materiell ble lappet opp gjentatte ganger. Davis sendte agenter til Europa for å kjøpe våpen og ammunisjon, og han har sendt representanter for å prøve å få anerkjennelse fra England og Frankrike.
Davis gjorde inspirert valg av Robert E. Lee som sjef for Army of Northern Virginia i juni 1862. Mens Davis ‘ militære dom var tidvis på feil, han klokt ga Lee bredt omfang i å føre krigen over de neste tre årene., Kanskje Davis er mest alvorlig feil som øverstkommanderende var den overdreven betydning, knyttet han til å forsvare den Konfødererte kapital i Richmond, Virginia, på bekostning av drift lenger vest, inkludert forsvar av de viktigste Konfødererte festning i Vicksburg, Mississippi.
Davis hadde utallige problemer under hans presidentskap, inkludert en krangel Congress, en dissident vice president, Alexander H. Stephens, og konstant opposisjon av ekstreme states’ rights talsmenn, slik som Nord-Carolina Gov., Zebulon Vance, som protesterte kraftig til verneplikt lov han hadde vedtatt over mye motstand i 1862. Men til tross for en gradvis forverring militære situasjonen, unrelieved interne politiske spenninger, en vedvarende mangel på arbeidskraft og utrustning, og skyrocketing inflasjon, han forble standhaftig i hans vilje til å fortsette krigen, og Lee vært både hans mest verdifulle feltet fartøysjefen og hans mest lojale personlig støttespiller., Selv under beleiringen av Petersburg, når Lees hær ble immobilisert og sultne, Davis hevdet til et publikum i Richmond på februar 6:
La oss forene våre hender og våre hjerter.,…Vi kan vel tro at før en annen sommersolverv faller det på oss, vil det være fienden som vil være å spørre oss for konferanser.