Den koloniale charter av Savannah forbudt Romerske Katolikker fra bosatte seg i byen. Den engelske forvalterne fryktet at Katolikker ville være mer lojale mot de spanske myndighetene i Florida enn den engelske regjeringen i Georgia, men dette forbudet falmet kort tid etter den Amerikanske Revolusjonen. Kirken er forsamlingen ble omorganisert om 1796. Fransk Katolsk emigranter etablerte den første kirken i 1799 etter at de flyktet fra Haiti etter slave opprør som begynte på den Karibiske øya i 1791., Det ble den viktigste kirken for gratis svarte fra Haiti på begynnelsen av det 19. århundre. Byggingen av den nye Cathedral of St. John the Baptist, i 1859. Strukturen ble nesten ødelagt av brann i 1898, men gjennom iherdig innsats ble gjenoppbygd av 1899. The Cathedral Basilica of St. John the Baptist ble den første bygningen i Georgia bygget av murstein. Hotellet har 81 glassmalerier, 16 gargoyles, er 214 meter høy med et tak høyde på 96 meter, tok over 90 000 kobber spiker og 45.000 slates å konstruere.,
menigheten bygget den første kirken på Liberty Square i 1779 og i 1811, velg et nettsted på Drayton og Perry Gatene for en større bygning. Biskop John England i Bispedømmet Charleston, som omfattet Savannah, innviet den nye kirken 1. April 1839. Pave Pius IX etablert Bispedømmet i Savannah i juli 1850 og menigheten begynte å planlegge for en ny domkirke på Lafayette Square i 1870 under Savannah fjerde Biskop, Rett Pastor Ignatius Persico., De fleste Pastor James Roosevelt Bayley, Erkebiskop av Baltimore, presiderte ved innvielsen av den Neo-Gotisk sanctuary 30. April 1876. Imidlertid, murstein struktur manglet spir som ikke ble lagt til 1896 når den fikk også et belegg av stukkatur og hvitmalt.
På februar 6, 1898, en brann feide bygningen og venstre bare murer og tårn, men lyden raskt gjenoppbygd, og var i stand til å feire Jul Masse i det nye anlegget i 1899. Men igjen, strukturen var ikke komplett og interiør tok en ekstra 13 år., Glassmaleriene ble installert rundt 1904. Soknet foretok påfølgende rehabilitering i 1959-1965, som tok for seg oppvarming, kjøling og belysning systemer og dekorasjon; 1984-1985, for å forsterke strukturelle grunnlaget og implementere endringer foreslått av det Annet vatikankonsil og 1998-2000 å installere ny taktekking, og gjenopprette de opprinnelige interiør farge palett og dekorasjoner.
Pave Francis forhøyet status i kirken til mindre basilika i 2020.