リガーゼについて:
リガーゼは、小さなペンダント化学基の加水分解を介して二つの大きな分子の融合を触媒する新しい化学結合を形成することができる酵素である。 リガーゼはATPを使用して結合を形成し、組換えDNAクローニングに使用され、核酸の二つの相補的な断片を結合する。
リガーゼ機能
DNAリガーゼ酵素は、EC番号6.5.1.1（CAS番号9015-85-4）を運び、ホスホジエステル結合を触媒するために一本鎖切断を修復することにより、二つのDNA鎖, この関係は、ドナーヌクレオチドの5’リン酸末端とアクセプターヌクレオチドの3’ヒドロキシル末端との間に起こる。
AMPを必要とする四段階のプロセスは、DNAセグメントまたは岡崎断片の活性の再編成、酵素の活性中心へのリジン残基のアデニル化、AMPをドナーヌクレオチドの5’リン酸末端に移動させてピロリン酸末端を形成する、ドナーヌクレオチドと受容体の3’ヒドロキシルとの間のホスホジエステル結合の形成を含む。,
リガーゼ相互作用
lig遺伝子によってコードされている大腸菌DNAリガーゼは、ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド（NAD）を切断してホスホジエステル結合を生成することによってエネルギーを得るが、RNAとDNAを結合することはできない。 ＤＮＡポリメラーゼ濃縮物は、大腸菌ＤＮＡリガーゼの活性を高めるために使用することができるが、濃縮物は、連結される断片よりも小さくなければならない。
Escherichia virus T4は主に実験室での研究で使用され、RNAおよびRNA-DNAハイブリッドの両方に加えて、オリゴヌクレオチドの凝集末端または平滑末端のいずれかに連結することができる。, しかし、それは一本鎖核酸に結合しないか、またはNADを使用する。 T4はATP補因子に依存し、最適温度は16℃である
リガーゼ機構
熱安定性酵素は好熱性細菌に由来し、他のDNAリガーゼよりもはるかに高い温度で活性化し、1時間95℃、48時間65℃の半減期で高いハイブリダイゼーションストリングネシーとライゲーション特異性を可能にし、500熱サイクルの活性を示す。