I.G.Farbenは第二次世界大戦中に有毒ガスを生成します。 例えば、ルートヴィヒスハーフェンに本社を置くanorgana GmbHは、ポーランドのブレスラウ近郊のDyhernfurth工場にある運営会社を通じて、戦争エージェントtabunとsarinを製造している。 また、バイエルン州にあるゲンドルフでマスタードガスを生産している。
Zyklon Bはシアン化水素からの有毒ガスであり、1941年からナチスの強制収容所のガス室で使用され、百万人以上の犠牲者、そのほとんどはユダヤ人を体系的, もともと農薬として開発されたジクロンBは、1919年に設立されたDeutsche Gesellschaft für Schädlingsbekämpfung mbH（Degesch）によって販売されており、1930/1931年から販売会社がジクロンBの販売を引き継いでいる。 戦争（1939年）の開始後、ドイツ国防軍と親衛隊はDegeschとその販売会社の主要な顧客になりました–兵士の兵舎だけでなく、強制収容所の兵舎も病気を運ぶ害虫の増殖を避けるために消毒を受けなければなりません。
1930年から、I.G.FarbenはDegeschで42.5パーセントのシェアを維持しています。, カール-ヴルスター（1900-1974;1952年-1965年）は、1940年に監査役会（Verwaltungsausschuss）のメンバーとなった。 戦後（1945年）、特にニュルンベルク裁判の間に、I.G.Farbenの代表者がZyklon Bが1941年からの人々の大量殺人に使用されたことを知っていたかどうかという疑問が提起されている。 決定的な答えはまだ見つかっていません。,
いずれにせよ、記録はまだ保存されており、証人の証言は、Carl Wursterが工業的大量駆除のための農薬の誤用を知っていたことを示すものではありません。 これは、戦争が進むにつれて、ますます多くの人々がキャンプに収容されていたため、ペディキュライダーやその他の特別な農薬の需要が高まることが予想されていたためである。, さらに、ジクロンBの実際の販売は、1941年にアウシュヴィッツでの大量処刑が始まった後、以前よりも有意に高くはなかった。 ヴァースターは1948年に全ての罪で無罪となった。
さらに、新しい研究は、他の企業（1930）の参加後でさえ、Degesch”Degussa企業の不可欠な部分であり、I.G.Farbenではないと結論づけています。1947年から1948年の間の戦争犯罪のための取締役会に対する裁判の間に誤って想定されており、今日でも一般的に信じられています。”