細胞エンベロープ。
ペプチドグリカンは、細胞に機械的剛性を与え、細胞質膜を保護し、細胞形態を決定する細菌の細胞壁の基本単位である。 グラム陽性細菌では，テイコ酸と結合したペプチドグリカンの厚いコートが細胞壁の基本構造を構成する。 一方、グラム陰性細菌は、細胞質膜に近いはるかに薄いペプチドグリカン層を有する、より複雑な構造を有する。, さらに、ペリプラズム空間は最も外側に位置し、外側の表面が本質的にリポ多糖（LPS）によって構成された非対称外膜によって外部に区切られている。 結果として生じる層は、殺生物剤の取り込みを制限することができる強力な障壁を提供する（Russell、2001b）。 これは、外膜の高いMg2+含量が強いLPS-LPSリンクを産生するのを助ける緑膿菌のような生物に特に当てはまります。 一方、Proteus sppでは。, より酸性の低いタイプのリポ多糖の存在は、クロルヘキシジンおよび他のカチオン性殺生物剤に対するその耐性に寄与する因子である（Russell and Chopra、1996）。 さらに、グラム陰性細菌の外膜は、狭いポリンチャネルが親水性分子の浸透を制限し、LPSリーフレットの流動性が低いため、親油性化合物の内向き拡散を遅くするため、透過性バリアとして機能する（Beumer et al., 2000).,したがって、一般的に言えば、グラム陰性細菌は、グラム陽性細菌よりも消毒に対してより耐性がある（Russell、1998、1999b）。 それにもかかわらず、グラム陽性細菌は塩素に対してより耐性がある(Trueman,1971;Mir et al., 1997). 飲料水処理による細菌学的集団の変化を調査するパイロット研究では、Norton and LeChevallier(2000)は、総生存数の減少およびグランポジティブ細菌の選択に対する塩素による消毒の効果を示している。, 実際、塩素処理は、飲料水システムにおける微生物の多様性の制限因子となる（Ｍａｋｉ ｅｔ ａｌ．, 1986). これらのケースでは、グラム陽性細菌レベルは原水中に見られるものよりも三重高く、コンパクトで厚い細胞壁は、塩素による消毒に対する主要な抵抗性を与える可能性のあるメカニズムの一つと考えられている（LeChevallier et al., 1980).
通常の細胞壁構造とは別に、マイコバクテリアに存在するものなど、他の細胞壁構成を考慮に入れなければならない。, マイコバクテリアの細胞壁は、ペプチドグリカン、アラビノガラクタンのマイコレート、様々な脂質およびペプチドからなる脂質に富む複雑な構造である。 このグループでは、ペプチドグリカン層は、その遠位端でミコール酸でエステル化された連結多糖側鎖において古典的な形態とは異なる。 細胞壁上のミコール酸の存在は、コリネバクテリウム、ノカルジアおよびロドコッカス（Brennan and Nikaido、1995）のような他の属に存在する可能性があるため、マイコバクテリアの排他的な特徴ではない。,
その特別な組成物は、極めて低い透過係数（Jarlierおよび二階堂、1994）および非常に疎水性構造を有する優れた障壁を構成し、親水性殺生物剤の拡散に対する著しい制限を決定する。 飲料水系におけるマイコバクテリアの存在および持続性は、この処理がそれらにほとんど影響を及ぼさないことを示唆している（Ｃｏｌｌｉｎｓ ｅｔ ａｌ．, 1984). 化学的消毒に対する耐性に加えて、いくつかのマイコバクテリアは、ある程度の熱感受性の低下を示す。, Schulze-RöbbeckeとBuchholtz(1992)は、Legionella pneumophilaを制御するための熱的措置が汚染された水系のいくつかのマイコバクテリア種を制御するのに十分ではないかもしれないことを示している。 消毒に対する感受性を考慮すると、マイコバクテリアは細菌と細菌胞子または原虫嚢胞およびオーシストのような抵抗性形態との間の中間的な位置を示す。
さらに、細菌は、主に親油性または両親媒性分子をポンプアウトすることによって押し出すことができる低特異性の流出ポンプを有する。, これらの染色体エンコードされた多剤耐性（MDRs）ポンプは広く分布しており（Lewis、1994）、ますます抵抗機構として関与している（Levy、2002）。 それらは、特にグラム陰性細菌の殺生物剤および抗生物質に対する感受性を定義する上で非常に重要であるが、多抵抗性の発達においても役割を果 黄色ブドウ球菌および緑膿菌のような病原体におけるそれらの存在は、公衆衛生に深刻な脅威をもたらす（Littlejohn et al., 1991)., 例えば、臭化エチジウムやテトラフェニルホスポニウムなどの膜透過性カチオンを押し出すSmr（***staphylo-coccal multidrug resistance）、黄色ブドウ球菌のQacAポンプ、緑膿菌のMexEF、大腸菌のAcrAB（Lewis、1994;Nikaido、1994）などが挙げられる。
実際、現在のデータは、流出ポンプが環境中に存在する毒性化合物に対する自然防御メカニズムの一部であることを示唆している。, グラム陰性細菌は外膜の狭いポリンチャネルを利用することによって大きな親水性分子に対して防御するが、リポ多糖containing有二重層は依然として親油性薬剤のゆっくりとした拡散を可能にする。 したがって、流出ポンプは、もともと細菌集団がその環境の変化に応答することを可能にするように進化したが、今日では殺生物剤からの脅威の増加に直面して、流出システムが構成的に発現される変異株が安定状態であると仮定されている（Beumer et al., 2000).