Samaritanismは、ユダヤ教が教えているように寺院の山の礎石とは対照的に、Gerizim山の頂上が神の聖地の真の場所であると主張しています。 このように、サマリヤ人は、ヨシュアが神殿の基礎を築いたと信じているモーセの時代まで、ユダヤ人とは別の存在としての歴史をたどっています。 サマリア人の歴史学は、ヨシュアの死に続いてゲリジム山に賛成してモーセの幕屋を放棄した大祭司エリに分裂そのものをたどっています。,
14世紀にサマリア人の歴史の主要な作品を書いたAbu l-Fathは、サマリア人の起源について次のようにコメントしている：
ヤフニのエリの息子、イタマルの系統のエリとピンカスの息子（ピネハス）の間で恐ろしい内戦が勃発した。 彼は石の祭壇の上に犠牲を提供するために使用されます。 彼は50歳で、富に恵まれ、イスラエルの子供たちの財宝を担当していました。 …,
彼は祭壇の上で犠牲を捧げましたが、塩はありませんでした。 偉大な大祭司オッツィがこれを知り、犠牲が受け入れられなかったことを発見したとき、彼は徹底的に彼を勘当しました。
そこで彼と彼に同情したグループは反乱を起こし、すぐに彼と彼の信者と彼の獣はシローのために出発しました。 したがってイスラエルは派閥で分裂した。 彼は彼らに言って彼らの指導者に送られ、素晴らしいものを見たい人は、彼が私のところに来てみましょう。, それから彼はShilohで彼のまわりで大きいグループを組み立て、そこに彼自身のための寺院を造りました;彼は寺院のような場所を造りました(Gerizimの山に)。 彼は祭壇を建て、細部を省略しませんでした—それはすべて元のものに対応していました。
この時点で、イスラエルの子供たちは三つの派閥に分かれました。 ゲリジム山の忠実な派閥、偽の神々に従った異端派、そしてシロのヤフニのイーライの息子に従った派閥。,
さらに、サマリア人の年代記アドラー、または新しい年代記は、18世紀に以前の年代記を情報源として構成されたと考えられている。
そして彼の時代のイスラエルの子供たちは三つのグループに分かれている。 彼は彼の意図を明らかにした後、それらの多くは彼から背を向けたが、別のは、Yafniの息子エリに従って、そして第三は、大祭司ウッツィベンBukki、選ばれた場所,
2人の王とヨセフスの伝統的なユダヤ人の物語は、イスラエルの人々がアッシリアの王（Sargon II）によってハラ、Khabur川のGozan、Medesの町に取り除かれたということを持っています。 アッシリアの王は、私たちはその後、サマリアに定住するためにバビロン、Kutha、Avah、Emath、およびSepharvaimから人々をもたらした、と言われています。 神は彼らを殺すために彼らの間にライオンを送ったので、アッシリアの王は神の儀式についての新しい入植者を教えるためにベテルから司祭の, 最終的な結果は、新しい入植者が土地の神と彼らが来た国から彼ら自身の神の両方を崇拝したことでした。
現代の遺伝学的研究（2004）は、サマリア人の系統は、父方的に継承されたユダヤ人の高司祭（Cohanim）におけるユダヤ人との共通の祖先に遡ることを示唆している。, これは、完全に反証されていないにしても、サマリヤ人がアッシリアから生まれたというこの歴史的理論に疑問を投げかけます。
さらに、北部部族がヨセフの地に戻ることを望む死海のスクロール4Q372は、北の現在の住人は愚か者であり、敵の人々であるが、明示的に外国人とは呼ばないと述べている。 それは、これらの人々、サマリヤ人は、エルサレムを嘲笑し、イスラエルを挑発するために高い場所（ゲリジム）に寺院を建てたと言うことになります。,
サマリア人とユダヤ人の間の紛争は、アッシリアのディアスポラの終わりとバル-コフバの反乱の間に数多くありました。 ユダヤ人の歴史学は、ユダヤ人に対するサマリア人の人口からの複数の扇動を記述し、それらを非難し、良いサマリア人のイエスのたとえ話はまた、紛争の証拠を与えます。 ゲリジム山のサマリア人の寺院の破壊は、大祭司ジョン-ハイルカヌスに起因しています。
失敗した反乱の後、Gerizim山は新しい寺院で再奉献されましたが、これは最終的にサマリア人の反乱の間に再び破壊されました。, サマリア人の迫害は、次の世紀に共通していました。