Il samaritanesimo sostiene che la cima del Monte Gerizim è la vera posizione del Luogo Santo di Dio, in contrasto con la Prima Pietra sul Monte del Tempio come insegna l’ebraismo. Come tale, samaritani tracciano la loro storia come un’entità separata dagli ebrei di nuovo al tempo di Mosè, dove credono Giosuè ha gettato le basi per il loro tempio. La storiografia samaritana fa risalire lo scisma stesso al Sommo Sacerdote Eli che abbandonò il Tabernacolo di Mosè a favore del Monte Gerizim dopo la morte di Giosuè.,
Abu l-Fath, che nel 14 ° secolo, scrisse una grande opera d’Samaritano storia, i commenti su Samaritano origini come segue:
Una terribile guerra civile scoppiata tra Eli, figlio di Yafni, della linea di Itamar, figli di Pincus (Fineas), perché Eli, figlio di Yafni deliberato di usurpare il sommo Sacerdozio dai discendenti di Pincus. Offriva sacrifici su un altare di pietre. Aveva 50 anni, dotato di ricchezze e responsabile del tesoro dei Figli di Israele. …,
Offrì un sacrificio sull’altare, ma senza sale, come se fosse disattento. Quando il Gran Sommo Sacerdote Ozzi venne a sapere di questo, e trovò che il sacrificio non era accettato, lo rinnegò completamente; e si dice che lo rimproverò.
Allora lui e il gruppo che simpatizzava con lui, insorsero in rivolta e subito lui e i suoi seguaci e le sue bestie partirono per Silo. Così Israele si divise in fazioni. Mandò ai loro capi dicendo loro: Chiunque volesse vedere cose meravigliose, venga da me., Poi radunò un gruppo numeroso intorno a lui in Silo, e vi si costruì un Tempio; costruì un luogo simile al Tempio (sul monte Gerizim). Costruì un altare, senza omettere alcun dettaglio-tutto corrispondeva all’originale, pezzo per pezzo.
In questo momento i Figli di Israele si divisero in tre fazioni. Una fazione leale sul Monte Gerizim; una fazione eretica che seguì falsi dèi; e la fazione che seguì Eli figlio di Yafni a Silo.,
Inoltre, il Samaritano Chronicle Adler, o New Chronicle, che si ritiene sia stato composto nel 18 ° secolo utilizzando cronache precedenti come fonti, afferma:
E i Figli di Israele ai suoi giorni divisi in tre gruppi. Uno fece secondo le abominazioni dei Gentili e servì altri dei; un altro seguì Eli figlio di Yafni, anche se molti di loro si allontanarono da lui dopo che aveva rivelato le sue intenzioni; e un terzo rimase con il Sommo sacerdote Uzzi ben Bukki, il luogo scelto.,
La narrazione tradizionale ebraica di 2 re e Giuseppe Flavio, vuole che il popolo di Israele fu rimosso dal re degli Assiri (Sargon II) ad Halah, a Gozan sul fiume Khabur e alle città dei Medi. Ci è stato detto che il re degli Assiri fece venire da Babilonia la gente di Kutha, di Ava, di Emat e di Sefarvàim per stabilirsi in Samaria. Poiché Dio mandò dei leoni in mezzo a loro per ucciderli, il re degli Assiri mandò uno dei sacerdoti da Bethel per insegnare ai nuovi coloni le ordinanze di Dio., Il risultato finale fu che i nuovi coloni adoravano sia il Dio della terra che i loro dèi dai paesi da cui provenivano.
Studi genetici moderni (2004) suggeriscono che i lignaggi dei samaritani risalgono ad un antenato comune con gli ebrei nel sommo sacerdozio ebraico paternalmente ereditato (Cohanim) temporalmente vicino al periodo della conquista assira del regno di Israele, e sono probabilmente discendenti della popolazione storica israelita, anche se isolati data la storia solitaria del popolo., Questo mette in dubbio, se non del tutto confuta, questa teoria storica che Samaritani origine da Assiria.
Inoltre, il rotolo del Mar Morto 4Q372, che racconta la speranza che le tribù del nord tornino nella terra di Giuseppe, osserva che gli attuali abitanti del nord sono pazzi, un popolo nemico, ma non si riferisce esplicitamente a loro come stranieri. Si continua a dire che queste persone, i Samaritani, deriso Gerusalemme e costruito un tempio su un luogo alto (Gerizim) per provocare Israele.,
I conflitti tra i samaritani e gli ebrei furono numerosi tra la fine della diaspora assira e la rivolta di Bar Kokhba. La storiografia ebraica descrive molteplici istigazioni da parte della popolazione samaritana contro gli ebrei e li denigrano, e la parabola di Gesù del Buon Samaritano fornisce anche prove di conflitto. La distruzione del tempio samaritano del Monte Gerizim è attribuita al Sommo sacerdote Giovanni Ircano.
Dopo le rivolte fallite, il Monte Gerizim fu ridedicato con un nuovo tempio, che alla fine fu nuovamente distrutto durante le rivolte samaritane., La persecuzione dei samaritani fu comune nei secoli successivi.