Informazioni sulla Ligasi:
Una ligasi è un enzima che può formare un nuovo legame chimico per catalizzare la fusione di due grandi molecole attraverso un’idrolisi di accompagnamento di un piccolo gruppo chimico pendente. Ligasi utilizzano ATP per formare i legami, ed è utilizzato nella clonazione del DNA ricombinante, unendo due frammenti complementari di acido nucleico.
Funzione Ligasi
Gli enzimi DNA ligasi portano il numero CE 6.5.1.1 (numero CAS 9015-85-4) e sono utilizzati per l’unione di due filamenti di DNA riparando rotture a singolo filamento per catalizzare i legami fosfodiesterici., La relazione si verifica tra l’estremità 5 ‘fosfato del nucleotide donatore e le estremità 3’ idrossile del nucleotide accettore.
Il processo in quattro fasi, che richiede AMP, comporta: la riorganizzazione dell’attività in segmenti di DNA o frammenti di Okazaki, adeniltazione di un residuo di lisina al centro attivo dell’enzima per rilasciare il pirofosfato, trasferimento di AMP all’estremità del fosfato 5’ del nucleotide donatore per formare un’estremità del pirofosfato, formazione del legame fosfodiestere tra il nucleotide donatore e il 3′ idrossile dell’accettore.,
Interazioni con la ligasi
Codificata dal gene lig, la ligasi del DNA di E. coli guadagna energia scindendo l’adenina dinucleotide nicotinamide (NAD) per generare un legame fosfodiestere, ma non può unire l’RNA al DNA. I concentrati della polimerasi del DNA possono essere usati per aumentare l’attività della ligasi del DNA di E. coli ma i concentrati devono essere più piccoli dei frammenti da legare.
Il virus Escherichia T4 viene utilizzato principalmente nella ricerca di laboratorio e può essere legato alle estremità coesive o smussate degli oligonucleotidi oltre agli ibridi RNA e RNA-DNA., Tuttavia, non si unisce all’acido nucleico a filamento singolo o non usa NAD. T4 si basa su un ATP cofattore e ha un ottimale temperatura di 16 °C.
Ligasi Meccanismo di
L’enzima termostabile è derivato dal batterio termofilo e attiva molto più calore rispetto ad altri DNA ligasi, sottolineato da half-life tassi oltre 1 ora a 95 °C e 48 ore a 65 °C. consente di alta ibridazione rigore e legatura specificità, mostrando la volontà di 500 cicli termici.