Isabella era sposata con il re Giovanni II di Castiglia come sua seconda moglie. La sua prima moglie, Maria d’Aragona, gli aveva dato quattro figli, anche se solo uno, il futuro Enrico IV di Castiglia, era sopravvissuto. Enrico era stato unito a Blanche II di Navarra in un matrimonio non consumato per sette anni ed è stato chiamato ” El Impotente.”Per questo motivo, John decise di cercare un’altra moglie, preferibilmente con una principessa francese., Tuttavia, il suo fidato consigliere e amico Alvaro de Luna decise che un’alleanza portoghese era meglio politicamente, e negoziò una partita con la molto più giovane Isabella. I due si sposarono il 22 luglio 1447 quando Giovanni aveva 42 anni e Isabella 19.
Conflitto con de LunaEdit
Stemma di Isabella di Portogallo come regina di Castiglia.
De Luna aveva dominato il re fin da giovane e senza dubbio si aspettava che questo continuasse dopo il matrimonio., De Luna cercò di controllare anche la giovane regina, arrivando addirittura a limitare gli accoppiamenti tra il re amoroso e la sua sposa. Isabella fece eccezione all’influenza di de Luna sul marito e tentò di persuadere il marito a rimuovere questo favorito.
Le voci che de Luna aveva tentato di avvelenare Isabella, e che aveva anche avvelenato e ucciso il suo predecessore, Maria d’Aragona, persistono ancora oggi. Isabella, consapevole di ciò, si incaricò di persuadere il re ad accettare di liberarsi di de Luna.,
Ebbe poco successo fino a dopo la nascita, nel 1451, di sua figlia e omonima che sarebbe diventata Isabella I di Castiglia. La prigionia della regina fu lunga e difficile.
Nel 1453, de Luna fece gettare il nobile Alfonso Pérez de Vivero da una finestra, poiché il nobile si era schierato contro il conestabile. Isabella usò questo come leva, e convinse il re a farlo arrestare e processare. Re Giovanni fece come sua moglie chiese, e de Luna fu giustiziato.
La morte del suo favorito rattristò il re, e la sua salute cominciò a declinare rapidamente., Il 15 novembre 1453, Isabella diede alla luce un figlio, Alfonso, e otto mesi dopo, Giovanni era sul letto di morte, scadendo finalmente il 20 luglio 1454. Enrico IV, appena divorziato da Blanche, divenne re.