Nel primo decennio del governo del Cancelliere Supremo Palpatine, il conte Dooku emerse come il volto del movimento separatista, radunando i sistemi alla sua causa though anche se alcuni pianeti, come il mondo commerciale strategicamente situato di Eriadu, resistettero alle sue suppliche. Su Geonosis, cospirò con altri leader per costruire un enorme esercito di droidi che avrebbe sopraffatto la Repubblica. Fu sorpreso di scoprire, tuttavia, che Obi-Wan Kenobi si era fatto strada verso il sistema mentre era in missione., Una volta catturato lo Jedi, Dooku affermò di essere felice di incontrarlo as come ex Maestro di Qui-Gon Jinn, Dooku aveva sentito solo cose buone su Obi-Wan asked e chiese il suo aiuto. Il motivo per cui Dooku si unì ai separatisti, disse, era che aveva imparato una terribile verità: un Signore dei Sith chiamato Darth Sidious controllava il Senato. Con Obi-Wan al suo fianco, potrebbero distruggere i Sith. “Non mi unirò mai a te, Dooku”, disse lo Jedi. Dooku lasciò freddamente Obi-Wan nella sua cella.,
Più tardi, Dooku e i Geonosiani pianificarono di giustiziare Obi-Wan, così come Anakin Skywalker e Padmé Amidala, nella loro enorme arena. I tre hanno evitato le bestie scatenate su di loro, tuttavia, il che ha dato ai Jedi e al loro nuovo esercito di cloni il tempo di inscenare un attacco. Così segnò l’inizio delle Guerre dei Cloni, con entrambe le parti che subirono pesanti perdite.
Nel suo tentativo di fuggire, Dooku ha guidato uno speeder in un hangar vicino, ma è stato seguito da Obi-Wan e Anakin., Il leader separatista ha acceso una spada laser a lama rossa evidence prova che in realtà aveva trasformato i Sith struck e ha colpito Anakin con un potente colpo di fulmine. Arrogante e desideroso di combattere, li schernì entrambi, ferendo infine Obi-Wan e tagliando il braccio destro di Anakin. Pronto a finire lo Jedi, Dooku si fermò quando sentì dei passi familiari: Yoda era arrivato. I Sith affermarono di essere più potenti di qualsiasi Jedi, ma Yoda assorbì facilmente il suo attacco di fulmine. ” Molto da imparare hai ancora”, ha detto., Con ciò, i due combatterono un furioso duello con la spada laser, che si concluse con Dooku che fece un’uscita affrettata. ” Questo è solo l’inizio”, ha avvertito. L’ex Jedi fuggì dal sistema e atterrò in una dimora non segnata su Coruscant, accolto dal malvagio Darth Sidious. ” Ho una buona notizia per te, mio signore”, disse. “La guerra è iniziata.”