La carta coloniale di Savannah proibiva ai cattolici romani di stabilirsi in città. I fiduciari inglesi temevano che i cattolici sarebbero stati più fedeli alle autorità spagnole in Florida che al governo inglese in Georgia, tuttavia questo divieto svanì poco dopo la Rivoluzione americana. La congregazione della chiesa fu riorganizzata intorno al 1796. Émigrés, cattolico francese, fondò la prima chiesa nel 1799 dopo essere fuggito da Haiti dopo le ribellioni degli schiavi iniziate nell’isola caraibica nel 1791., Divenne la chiesa principale per i neri liberi da Haiti nei primi anni del 19 ° secolo. La costruzione della nuova Cattedrale di San Giovanni Battista iniziò nel 1859. La struttura fu quasi distrutta da un incendio nel 1898, ma attraverso uno sforzo diligente fu ricostruita entro il 1899. La Basilica Cattedrale di San Giovanni Battista è stato il primo edificio in Georgia costruito in mattoni. È dotato di 81 vetrate, 16 gargoyles, è alto 214 piedi con un’altezza del tetto di 96 piedi, ha assunto 90.000 chiodi di rame e 45.000 ardesie da costruire.,
La congregazione costruì la sua prima chiesa in Liberty Square nel 1779 e nel 1811, scegliere un sito su Drayton e Perry Streets per un edificio più grande. Il vescovo John England della diocesi di Charleston, che comprendeva Savannah, consacrò la nuova chiesa il 1 aprile 1839. Papa Pio IX istituì la Diocesi di Savannah nel luglio 1850 e la congregazione iniziò a progettare una nuova cattedrale su Lafayette Square nel 1870 sotto il quarto vescovo di Savannah, il reverendo Ignazio Persico., Il reverendo James Roosevelt Bayley, arcivescovo di Baltimora, presiedette alla dedicazione del santuario neogotico il 30 aprile 1876. Tuttavia, la struttura in mattoni mancava di guglie che non furono aggiunte fino al 1896 quando ricevette anche un rivestimento di stucco e calce.
Il 6 febbraio 1898, un incendio spazzò l’edificio e lasciò solo le mura e le torri, tuttavia la congregazione si ricostruì rapidamente e poté celebrare la Messa di Natale nella nuova struttura nel 1899. Ma ancora una volta, la struttura non era completa e la decorazione degli interni ha richiesto altri 13 anni., Le vetrate furono installate intorno al 1904. La parrocchia ha intrapreso successivi progetti di ristrutturazione nel 1959-1965, che ha affrontato riscaldamento, raffreddamento e sistemi di illuminazione e decorazione; 1984-1985, per rafforzare le fondamenta strutturali e attuare le modifiche suggerite dal Concilio Vaticano II e 1998-2000 per installare nuove coperture, e ripristinare la tavolozza dei colori interni originali e decorazioni.
Papa Francesco ha elevato lo status della chiesa a basilica minore nel 2020.