Allineamento globale
Gli strumenti di allineamento globali creano un allineamento end-to-end delle sequenze da allineare.
Needle (EMBOSS)
EMBOSS Needle crea un allineamento globale ottimale di due sequenze utilizzando l’algoritmo Needleman-Wunsch.
Launch Needle
Barella (EMBOSS)
La barella EMBOSS utilizza una modifica dell’algoritmo Needleman-Wunsch che consente di allineare globalmente sequenze più grandi.,
Avvia Barella
Allineamento locale
Strumenti di allineamento locale trova uno o più allineamenti che descrivono le regioni più simili all’interno delle sequenze da allineare. Sono in grado di allineare le sequenze proteiche e nucleotidiche.
Water (EMBOSS)
EMBOSS Water utilizza l’algoritmo Smith-Waterman (modificato per migliorare la velocità) per calcolare l’allineamento locale di due sequenze.
Launch Water
Matcher (EMBOSS)
EMBOSS Matcher identifica le somiglianze locali tra due sequenze utilizzando un algoritmo rigoroso basato sull’applicazione LALIGN.,
Launch Matcher
LALIGN
LALIGN trova duplicazioni interne calcolando allineamenti locali non intersecanti di proteine o sequenze di DNA.
Avvia LALIGN