A Savannah gyarmati alapokmánya megtiltotta a Római katolikusoknak, hogy letelepedjenek a városban. Az angol kurátorok attól tartottak, hogy a katolikusok hűségesebbek lesznek a floridai spanyol hatóságokhoz, mint a grúziai angol kormányhoz, azonban ez a tilalom röviddel az amerikai forradalom után elhalványult. Az egyház gyülekezetét 1796 körül átszervezték. A francia katolikus émigrés 1799-ben hozta létre az első templomot, miután 1791-ben a Karib-tengeren kezdődött rabszolgalázadások után elmenekültek Haitiról., A 19. század elején a Haiti szabad feketék fő templomává vált. Az építkezés a Keresztelő Szent János új Székesegyházán kezdődött 1859-ben. Az épületet 1898-ban tűzvész pusztította el, de szorgalmas munkával 1899-re újjáépítették. A székesegyház bazilika Keresztelő Szent János volt az első épület Grúziában épített tégla. 81 ólomüveg ablak, 16 vízköpő, 214 láb magas, tetőmagassága 96 láb, több mint 90.000 réz szeget és 45.000 palát épített.,
a Kongregáció 1779-ben építette meg első templomát a Szabadság téren, 1811-ben pedig a Drayton és Perry utcák helyén egy nagyobb épület kapott helyet. John England püspök, a Savannah-t magában foglaló Charlestoni Egyházmegye, 1839.április 1-jén szentelte fel az új templomot. Piusz pápa 1850 júliusában megalapította a savannai egyházmegyét, és a Kongregáció 1870-ben a Lafayette téren új katedrálist tervezett Savannah negyedik püspöke, Ignatius Persico tiszteletes vezetésével., James Roosevelt Bayley tiszteletes, Baltimore érseke elnökölt a neogótikus szentély 1876.április 30-án. A téglaszerkezetnek azonban nem voltak olyan tornyai, amelyeket csak 1896-ban adtak hozzá, amikor stukkó és mészkő bevonatot is kapott.
1898.február 6-án tűz söpört végig az épületen és csak a falakat és a tornyokat hagyta el, a gyülekezet azonban gyorsan újjáépült, és 1899-ben az új létesítményben ünnepelhette a karácsonyi misét. De ismét a szerkezet nem volt teljes, a belsőépítészet további 13 évet vett igénybe., Az ólomüveg ablakokat 1904 körül telepítették. A plébánia 1959-1965-ben további felújítási projekteket vállalt, amelyek a fűtési, hűtési és világítási rendszerekkel, valamint a dekorációval foglalkoztak; 1984-1985-ben a strukturális alapok megerősítése és a II.Vatikáni Tanács által javasolt változtatások végrehajtása, valamint 1998-2000-ben az új tetőfedés telepítése, valamint az eredeti belső színpaletta és dekoráció helyreállítása érdekében.
Ferenc pápa 2020-ban a kisebb bazilikára emelte az egyház státuszát.