A Konföderáció elnöke
1861.január 21-én, 12 nappal Mississippi elszakadása után Davis mozgó búcsúbeszédet tartott a Szenátusban, és ékesszólóan könyörgött a békéért. Mielőtt elérte Brierfield ültetvényét, megbízták egy fő tábornokkal, hogy vezesse Mississippi fegyveres erőit és készítse elő a védelmét, de két héten belül az alabamai Montgomery-I Konföderációs egyezmény őt választotta a Konföderáció ideiglenes elnökévé. Davis meglepődött a választási hírek miatt., Sok déli vezetővel ellentétben háborút várt, és remélte, hogy a déli hadsereg főparancsnoka lesz. Davis 1861. február 18-i alakuló beszédében részben azt mondta, hogy
Encyclopædia Britannica, Inc.,
Karim Shamsi-Basha/Alabama Idegenforgalmi Hivatal & Utazási
Írja fel a feladatait a hivatal, amely már döntött, azzal a reménnyel, hogy az elején a karrier, mint a Konföderáció nem lehet akadályozzák ellenséges ellenzék, hogy az élvezet, a külön lét függetlenség mi azt állította, amely az áldást, a Gondviselés, kívánjuk fenntartani.
első intézkedése az volt, hogy békebizottságot küldjön Washingtonba.,, hogy megakadályozzák a fegyveres konfliktust. Lincoln nem volt hajlandó látni a követeit, és a következő hónapban úgy döntött, hogy fegyveres hajókat küld Charlestonba, Dél-Karolinába, hogy utánpótolja az ostromlott Unió helyőrségét Fort Sumterben. Davis vonakodva elrendelte az erőd bombázását (április 12-13), amely az amerikai polgárháború kezdetét jelezte. Két nappal később Lincoln 75 000 önkéntest hívott fel, ami Virginia és három másik állam elszakadását eredményezte az Uniótól.,
Library of Congress, Washington, D. C. (reproduction no. LC-DIG-pga-01584)
Davis szörnyű válsággal szembesült. Egy precedens nélküli elnöknek egy teljesen új nemzetet kellett formálnia a háború közepén., Csak egy-negyedik a fehér lakosság az Északi államokban, egy kis töredéke az Északi gyártási kapacitás, valamint a gyengébb vasút, nem tengerész, nem por, mills, nem hajógyár, valamint egy megdöbbentő hiánya, a karok, illetve a berendezés, a Dél-volt rossz állapotban van, hogy ellenálljon az invázió. De Bull Run (Manassas, Virginia) 1861.július 21-én a konföderációk irányították az uniós erőket. Közben, rögtönzött anyagokkal, Davis gyárakat hozott létre por, ágyú, oldalsó karok és negyedmester üzletek gyártására., A helyreállított haditengerészeti udvarokban ágyúhajókat építettek, a Déli Vasút és gördülőállományt pedig többször javították. Davis ügynökeket küldött Európába, hogy fegyvereket és lőszereket vásároljanak, és képviselőket küldött, hogy megpróbálják megszerezni az elismerést Angliából és Franciaországból.
Davis 1862 júniusában Robert E. Lee-t választotta Észak-Virginia hadseregének parancsnokává. Míg Davis katonai ítélete időnként hibás volt, bölcsen széles teret adott Lee-nek a háború vezetésében a következő három évben., Talán Davis legsúlyosabb hiba, mint főparancsnok volt a túlzott jelentőséget csatolt hozzá, hogy védi a Szövetségi fővárosban, Richmond, Virginia, kárára műveletek távolabb nyugatra, beleértve a védelem a legfontosabb Konföderációs erőd Vicksburg, Mississippi.
Davisnek számtalan problémája volt elnöksége alatt, köztük egy civakodó Kongresszus, egy disszidens alelnök, Alexander H. Stephens, valamint a szélsőséges Államok jogvédőinek állandó ellenzéke, például Észak-Karolina Gov., Zebulon Vance, aki erőteljesen tiltakozott a sorozási törvény ellen, amelyet 1862-ben sok ellenzékkel hozott. De a fokozatosan romló katonai helyzet, a belső politikai feszültségek, a munkaerő és a fegyverzet folyamatos hiánya és az emelkedő infláció ellenére határozott maradt a háború folytatására irányuló eltökéltségében, Lee pedig mind a legértékesebb terepparancsnoka, mind a leghűségesebb személyes támogatója maradt., Még Pétervár ostroma alatt is, amikor Lee seregét immobilizálták és éheztették, Davis február 6-án Richmondban egy hallgatósághoz fordult:
Jefferson Davis
Encyclopædia Britannica, Inc.
egyesítsük a kezünket és a szívünket.,… Azt hihetjük, hogy mielőtt még egy nyári napforduló ránk esne, az ellenség lesz az, aki konferenciákat kér tőlünk.