Belül az első évtizedben a Legfelsőbb Palpatine Kancellár szabálya, Dooku Gróf alakult ki, mint az arc, a Szeparatista mozgalom, rally rendszerek a mert-bár egyes bolygókon, mint például a stratégiailag található kereskedelmi világ Eriadu, ellenállt a könyörgés. A Geonosis, összeesküdött más vezetők építeni egy hatalmas droid hadsereg, amely elárasztja a Köztársaság. Meglepte azonban, hogy Obi-Wan Kenobi küldetése alatt eljutott a rendszerbe., Miután a Jediket elfogták, Dooku azt állította, hogy örül, hogy találkozik vele-mint Qui-Gon Jinn egykori mestere, Dooku csak jó dolgokat hallott Obi-Wanról -, és segítséget kért. Dooku azért csatlakozott a Szeparatistákhoz, azt mondta, hogy szörnyű igazságot tanult: egy Darth Sidious nevű Sith Úr irányította a szenátust. Ha Obi-Wan az oldalán áll, elpusztíthatják a Sith-eket. “Soha nem csatlakozom hozzád, Dooku” – mondta a Jedi. Dooku hidegen hagyta Obi-Want a cellájában.,
később Dooku és a Geonosziak Obi-Wan, valamint Anakin Skywalker és Padmé Amidala kivégzését tervezték hatalmas arénájukban. A három staved off the beasts elszabadult rájuk, azonban, amely adott a Jedi és az új klón hadsereg ideje, hogy a színpadon a támadás. Így kezdődött a Klónháborúk, mindkét fél súlyos veszteségeket szenvedett.
menekülés közben Dooku egy közeli hangárba lovagolt, de Obi-Wan és Anakin követte., A szeparatista vezető meggyújtott egy piros pengéjű fénykardot-bizonyíték arra, hogy valójában Sith lett -, és erős villámlással csapott le anakinra. Arrogáns és harcra kész, mindkettőjüket kigúnyolta, végül megsebesítette Obi-Want és elvágta Anakin jobb karját. Készen áll a Jedi befejezésére, Dooku megállt, amikor ismerős lépéseket hallott: Yoda megérkezett. A Sith azt állította, hogy erősebb, mint bármely Jedi, de Yoda könnyen elnyelte erő villám támadás. “Sokat kell még tanulnod” – mondta., Ezzel a két harcolt egy dühös fénykard párbaj, amely véget ért Dooku, hogy egy elhamarkodott kilépés. “Ez csak a kezdet” – figyelmeztetett. Az egykori Jedi elmenekült a rendszerből, és egy jelöletlen lakásban landolt Coruscanton, a gonosz Darth Sidious köszöntötte. “Jó hírem van számodra, uram” – mondta. “Háború kezdődött.”