Isabella oli naimisissa Kastilian kuninkaan Juhana II: n kanssa tämän toisena vaimona. Hänen ensimmäinen vaimonsa, Aragonian Maria, oli antanut hänelle neljä lasta, joskin vain yksi, tuleva Kastilian Henrik IV oli säilynyt. Henrik oli liittynyt Navarran Blanche II: n kanssa solmimattomaan avioliittoon seitsemän vuoden ajan ja häntä kutsuttiin nimellä ”El Impotente.”Tämän vuoksi Johannes päätti etsiä toisen vaimon, mieluiten ranskalaisen prinsessan kanssa., Hänen luotettu neuvonantajansa ja ystävänsä Alvaro de Luna kuitenkin päätti Portugalin liiton olevan poliittisesti parempi ja neuvotteli ottelun paljon nuoremman Isabellan kanssa. Kaksikko vihittiin 22. heinäkuuta 1447, kun Johannes oli 42-vuotias ja Isabella 19-vuotias.
Ristiriidassa de LunaEdit
vaakuna Portugalin Isabella Kastilian Kuningattareksi.
De Luna oli hallinnut kuningas, koska hän oli nuori ja epäilemättä odotettavissa tämän jatkuvan avioliiton solmimisen jälkeen., De Luna yritti kontrolloida myös nuorta kuningatarta ja yritti jopa rajoittaa lemmekkään kuninkaan ja hänen morsiamensa välisiä kytköksiä. Isabella poikkesi de Lunan vaikutuksesta mieheensä ja yritti taivutella miestään poistamaan tämän suosikin.
huhut siitä, että de Luna olisi yrittänyt myrkyttää Isabellaa ja että hän olisi myös myrkyttänyt ja murhannut edeltäjänsä, Aragonialaisen Marian, jatkuvat vielä tänäkin päivänä. Isabella, joka on tietoinen tästä, asetti itsensä tehtäväksi suostutella kuningas suostumaan eroon de Luna.,
hän menestyi vain vähän, kunnes vuonna 1451 syntyi tytär ja kaima, josta tuli Kastilian Isabella I. Kuningattaren vankeus oli pitkä ja vaikea.
Vuonna 1453, de Luna oli aatelismies Alfonso Pérez de Vivero heitetty ulos ikkunasta, kun aatelismies oli yksipuolinen vastaan konstaapeli. Isabella käytti tätä valttina ja sai kuninkaan pidättämään ja yrittämään. Kuningas Juhana teki kuten hänen vaimonsa pyysi, ja de Luna teloitettiin.
suosikkinsa kuolema suretti kuningasta, ja hänen terveytensä alkoi heikentyä nopeasti., 15 päivänä marraskuuta 1453 Isabella synnytti pojan, Alfonso, ja kahdeksan kuukautta myöhemmin, John oli hänen kuolinvuoteellaan, päättyy vihdoin 20 päivänä heinäkuuta 1454. Blanchesta juuri eronnut Henrik IV nousi kuninkaaksi.