ensimmäisen vuosikymmenen ylikansleri Palpatine on sääntö, Kreivi Dooku tullut kasvot Separatistinen liike, rallin järjestelmät hänen syy-vaikka jotkut planeetat, kuten sijaitsee strategisesti kaupan maailma Eriadu, vastusti hänen hartaat pyynnöt. Geonosiksella hän vehkeili muiden johtajien kanssa rakentaakseen massiivisen droidiarmeijan, joka valtaisi tasavallan. Hän kuitenkin yllättyi huomatessaan, että Obi-Wan Kenobi oli selvinnyt järjestelmään tehtävässään., Kun Jedi oli kiinni, Dooku väitti, että hän oli iloinen tavata häntä-kuten entinen Mestari Qui-Gon Jinn, Dooku oli kuullut vain hyviä asioita Obi-Wan — ja pyysi hänen apuaan. Dooku liittyi separatisteihin hänen mukaansa siksi, että hän oppi karmean totuuden: Sith-lordi Darth Sidious hallitsi senaattia. Kun Obi-Wan on hänen puolellaan, he voivat tuhota sithit. ”En tule koskaan liittymään sinuun, Dooku”, Jedi sanoi. Dooku jätti Obi-Wanin kylmästi selliinsä.,
Myöhemmin, Dooku ja geonosialaiset tarkoitus suorittaa Obi-Wan, sekä Anakin Skywalkerin ja Padmé Amidala, heidän massiivinen areenalla. Kolme staved pois pedot valloilleen, kun niitä kuitenkin joka antoi Jedien ja heidän uusi klooni armeija aika vaiheessa hyökkäys. Näin alkoi Kloonisota, jossa molemmat osapuolet kärsivät raskaita tappioita.
hänen paetessaan, Dooku ajoi kaaharia läheiseen halliin, mutta seurasi Obi-Wan ja Anakin., Separatistien johtaja syttynyt punainen pyörittämään valosapelin — todisteita siitä, että hän oli itse asiassa kääntynyt Sith-ja iski Anakin voimakas laukaus Voima salama. Ylimielinen ja taisteluhaluinen hän pilkkasi heitä molempia, lopulta haavoittaen Obi-Wania ja katkaisten Anakinin oikean käden. Valmiina viimeistelemään Jedin Dooku pysähtyi kuullessaan tutut askeleet: Yoda oli saapunut paikalle. Sith väitti olevansa voimakkaampi kuin yksikään Jedi, mutta Yoda helposti imeytyy hänen Voima salama hyökkäys. ”Paljon opittavaa sinulla vielä on”, hän sanoi., Kanssa, että kaksi taisteli raivoissaan valosapelitaistelun, joka päättyi Dooku tehdä kiireellä. ”Tämä on vasta alkua”, hän varoitti. Entiset jedit pakenivat järjestelmästä ja laskeutuivat merkitsemättömään asuntoon Coruscantiin, jota vastassa oli paha Darth Sidious. ”Minulla on teille hyviä uutisia, herrani”, hän sanoi. ”Sota on alkanut.”