Konfederaation Presidentti
21. tammikuuta 1861, 12 päivää sen jälkeen, kun Mississippi erosivat, Davis teki liikkuvat jäähyväiset puhe Senaatissa ja pyysin kaunopuheisesti varten rauha. Ennen kuin hän saavutti hänen Brierfield istutus, hän oli tilannut kenraalimajuri pään Mississippi on asevoimien ja valmistella sen puolustus, mutta kahden viikon Konfederaation Yleissopimuksen Montgomery, Alabama, valitsi hänet presidentiksi Etelävaltioiden. Davis yllättyi vaaliuutisesta., Toisin kuin monet etelän johtajat, hän oli odottanut sotaa ja toivoi pääsevänsä etelän armeijoiden ylipäälliköksi. Virkaanastujaispuheessaan 18. helmikuuta 1861, Davis sanoi, osittain,
En anna, kun tehtävät virassa, johon minut on valittu ja toivon, että alussa meidän uran, koska Liitto ei saa estää vihamielisten opposition meidän nauttia erillisen olemassaolon ja itsenäisyyden meillä on väittänyt, ja joka, siunaus Providence, aiomme säilyttää.
hänen ensimmäinen tekonsa oli lähettää rauhankomissio Washingtoniin.,, estääkseen aseellisen konfliktin. Lincoln ei suostunut tapaamaan lähettiläitään ja päätti seuraavassa kuussa lähettää aseistettuja laivoja Etelä-Carolinan Charlestoniin varustautuakseen uudelleen ahdistelevaan unionin varuskuntaan Fort Sumteriin. Davis määräsi vastahakoisesti linnoituksen pommituksen (12. -13. Huhtikuuta), joka merkitsi Yhdysvaltain sisällissodan alkua. Kaksi päivää myöhemmin Lincoln pyysi 75 000 vapaaehtoista, mikä johti Virginian ja kolmen muun valtion irtautumiseen unionista.,
Davis kohtasi hirveä kriisi. Presidentti ilman ennakkotapausta joutui muokkaamaan tuliterän kansakunnan sodan keskellä., Vain yksi-neljäs valkoinen väestö Pohjoisen valtiot, pieni osa Pohjois-valmistus kapasiteetti, ja huonompi rautateitä, ei laivasto, ei powder mills, ei telakka, ja kauhistuttava puute aseita ja laitteita, Etelä-oli huonossa kunnossa kestämään hyökkäystä. Mutta Bull Runissa (Manassas, Virginia) Heinäkuun 21.päivänä 1861 Etelävaltiot kukistivat unionin joukot. Sillä välin, hätävara materiaaleja, Davis loi tehtaita tuottaa jauhe, tykki, puoli aseet ja sotilaallinen myymälöissä., Kunnostetuissa laivastotelakoissa rakennettiin tykkiveneitä, ja etelän riittämättömät rautatiet ja liikkuva kalusto paikattiin toistuvasti. Davis lähetti agentteja Eurooppaan ostamaan aseita ja ammuksia ja lähetti edustajia yrittämään saada tunnustusta Englannista ja Ranskasta.
Davis valitsi Robert E. Leen Pohjois-Virginian armeijan komentajaksi kesäkuussa 1862. Vaikka Davisin sotilaallinen tuomio oli ajoittain syypää, hän viisaasti antoi Leelle laajat mahdollisuudet johtaa sotaa seuraavien kolmen vuoden aikana., Ehkä Davis on useimmat vakava virhe, koska ylipäällikkö oli liiallinen, miten tärkeänä hän piti puolustaa Etelävaltioiden pääkaupunki Richmond, Virginia, kustannuksella toimintansa lännempänä, mukaan lukien puolustuksen avain Konfederaation linnoitukseen Vicksburgissa, Mississippissä.
Davis oli lukemattomia ongelmia hänen kaudellaan, myös riitelyn Kongressi, toisinajattelija varapuheenjohtaja, Alexander H. Stephens, ja jatkuvasti opposition äärimmäisen valtioiden oikeuksien puolestapuhujia, kuten Pohjois-Carolinan Kuvernööri deval patrick., Sebulon Vance vastusti voimakkaasti asevelvollisuuslakia, jonka hän oli säätänyt suuresta vastustuksesta vuonna 1862. Mutta siitä huolimatta, vähitellen paheneva sotilaallinen tilanne, lohduton sisäiset poliittiset jännitteet, jatkuva työvoimapula ja aseistus, ja kovassa inflaatio, hän pysyi määrätietoisesti hänen päättäväisyytensä jatkaa sota, ja Lee pysyi sekä hänen arvokkain kenttä komentaja ja hänen uskollisimmat henkilökohtainen tukija., Jopa piirityksen aikana Petersburg, kun Leen armeija oli immobilisoitu ja nälkää, Davis vakuutti yleisöä Richmond 6. helmikuuta:
sitten voimme yhdistää meidän käsissämme ja sydämemme.,… Voimme hyvin uskoa, että ennen kuin toinen kesäpäivänseisaus osuu meihin, vihollinen pyytää meitä konferensseihin.