siirtomaa peruskirjan Savannah kielletty roomalaiskatolisia asettumasta kaupungissa. Englantilaiset luottomiehet pelkäsivät, että katolilaiset olisivat uskollisempia Espanjan viranomaisille Floridassa kuin englannin hallitukselle Georgiassa, mutta tämä kielto hiipui pian Yhdysvaltain vallankumouksen jälkeen. Kirkon seurakunta organisoitiin uudelleen noin vuonna 1796. Ranskalainen katolinen émigrés perusti ensimmäisen kirkon vuonna 1799 paettuaan Haitista orjakapinoiden jälkeen, jotka alkoivat Karibian saarella vuonna 1791., Siitä tuli Haitin vapaiden mustien pääkirkko 1800-luvun alussa. Uuden Pyhän Johannes Kastajan katedraalin rakennustyöt aloitettiin vuonna 1859. Rakennus tuhoutui lähes tulipalossa vuonna 1898, mutta ahkeran ponnistelun avulla se rakennettiin uudelleen vuoteen 1899 mennessä. Pyhän Johannes Kastajan Katedraalikirkko oli Georgian ensimmäinen tiilestä rakennettu rakennus. Siinä on 81 lasimaalauksia, 16 gargoiles, on 214 jalkaa korkea katto Korkeus 96 jalkaa, otti yli 90,000 kupari kynnet ja 45,000 slates rakentaa.,
seurakunta on rakennettu ensimmäisen kirkon Liberty Square vuonna 1779 ja vuonna 1811, valitse sivusto ja Perry Drayton Kaduilla suurempi rakennus. Savannahiin kuuluneen Charlestonin hiippakunnan piispa John England vihki uuden kirkon 1.huhtikuuta 1839. Paavi Pius IX perustettu Hiippakunnan Savannah heinäkuussa 1850 ja seurakunta alkoi suunnitella uutta katedraali Lafayette Square vuonna 1870 alle Savannah on neljäs Piispa, Pastori Ignatius Persico., Useimmat pastori James Roosevelt Bayley, Baltimoren arkkipiispa, johti uusgoottilaisen pyhäkön vihkiäisissä 30. huhtikuuta 1876. Tiilirakenteesta kuitenkin puuttuivat spiraalit, joita lisättiin vasta vuonna 1896, jolloin se sai myös stukko-ja kalkinpäällysteen.
6. helmikuuta 1898, tulipalo pyyhkäisi rakennus ja jäljellä vain seinät ja tornit, kuitenkin seurakunnan nopeasti uudelleen ja pystyi viettämään Joulua Massa uusi laitos vuonna 1899. Mutta jälleen rakenne ei ollut valmis ja sisustus kesti vielä 13 vuotta., Lasimaalauksia asennettiin vuoden 1904 tienoilla. Seurakunta sitoutui myöhemmin remontin hankkeita 1959-1965, joka on käsitelty lämmitys -, jäähdytys-ja valaistusjärjestelmien ja koristeluun; 1984-1985, vahvistaa rakenteellisen perustan ja toteuttaa muutoksia ehdotti Vatikaanin Toinen kirkolliskokous ja 1998-2000 asentaa uusi katto, ja palauttaa alkuperäisen sisustuksen väripaletti ja koristeet.
paavi Franciscus korotti kirkon aseman alaikäiseksi basilikaksi vuonna 2020.