Samaritanismo sostiene que la cumbre del monte Gerizim es la verdadera ubicación del lugar santo de Dios, en oposición a la piedra fundamental en el monte del templo como enseña el judaísmo. Como tal, los samaritanos trazan su historia como una entidad separada de los judíos desde el tiempo de Moisés, donde creen que Josué sentó las bases para su templo. La historiografía samaritana rastrea el cisma mismo al sumo sacerdote Elí que abandonó el Tabernáculo de Moisés en favor del monte Gerizim después de la muerte de Josué.,
Abu l-Fath, quien en el siglo XIV escribió una obra importante de la historia Samaritana, comenta sobre los orígenes samaritanos de la siguiente manera:
una terrible guerra civil estalló entre Eli hijo de Yafni, de la línea de Itamar, y los hijos de Pinco (Finees), porque Eli hijo de Yafni resolvió usurpar el Sumo Sacerdocio de los descendientes de Pinco. Solía ofrecer sacrificios en un altar de piedras. Tenía 50 años, tenía riquezas y estaba a cargo del Tesoro de los hijos de Israel. …,
ofreció un sacrificio en el altar, pero sin sal, como si no estuviera atento. Cuando el Gran Sumo Sacerdote Ozzi se enteró de esto, y encontró que el sacrificio no era aceptado, lo repudió completamente; y se dice que lo reprendió.
entonces él y el grupo que simpatizaba con él, se rebelaron y de inmediato él y sus seguidores y sus bestias partieron hacia Shiloh. Así Israel se dividió en facciones. Él envió a sus líderes diciéndoles: cualquiera que quiera ver cosas maravillosas, que venga a mí., Entonces reunió un gran grupo alrededor de él en Silo, y construyó un templo para sí mismo allí; construyó un lugar como el templo (en el monte Gerizim). Construyó un altar, sin omitir ningún detalle-todo correspondía al original, pieza por pieza.
en este momento los hijos de Israel se dividieron en tres facciones. Una facción leal en el monte Gerizim; una facción herética que siguió a dioses falsos; y la facción que siguió a Eli hijo de Yafni en Silo.,
Además, la crónica Samaritana Adler, o Nueva Crónica, que se cree que fue compuesta en el siglo XVIII utilizando crónicas anteriores como fuentes, afirma:
y los hijos de Israel en sus días divididos en tres grupos. Uno hizo según las abominaciones de los Gentiles y sirvió a otros dioses; otro siguió a Elí, hijo de Yafni, aunque muchos de ellos se apartaron de él después de que él había revelado sus intenciones; y un tercero permaneció con el Sumo Sacerdote Uzzi ben Bukki, el lugar elegido.,
la narrativa judía tradicional de 2 Reyes y Josefo, dice que el pueblo de Israel fue trasladado por el rey de los asirios (Sargón II) a Halah, a Gozán en el río Khabur y a las ciudades de los medos. El rey de los asirios, entonces se nos dice, entonces trajo gente de Babilonia, Kutha, Avah, Emath, y Sepharvaim para establecerse en Samaria. Debido a que Dios envió leones entre ellos para matarlos, el rey de los asirios envió a uno de los sacerdotes de Betel para enseñar a los nuevos colonos acerca de las ordenanzas de Dios., El resultado final fue que los nuevos colonos adoraban tanto al Dios de la tierra como a sus propios dioses de los países de los que provenían.
Los estudios genéticos modernos (2004) sugieren que los linajes de los samaritanos se remontan a un ancestro común con los judíos en el alto sacerdocio judío (Cohanim) heredado paternalmente próximo al período de la conquista Asiria del Reino de Israel, y son probablemente descendientes de la población Israelita histórica, aunque aislados dada la historia reclusiva del pueblo., Esto arroja dudas, si no desmiente totalmente, esta teoría histórica de que los samaritanos se originaron en Asiria.
Además, el rollo del Mar Muerto 4Q372, que relata la esperanza de que las tribus del Norte regresen a la tierra de José, señala que los habitantes actuales en el norte son tontos, un pueblo enemigo, pero no se refiere explícitamente a ellos como extranjeros. Continúa diciendo que estas personas, los samaritanos, se burlaron de Jerusalén y construyeron un templo en un lugar alto (Gerizim) para provocar a Israel.,
Los conflictos entre los samaritanos y los judíos fueron numerosos entre el final de la Diáspora Asiria y la revuelta de Bar Kojba. La historiografía judía describe múltiples instigaciones de la población Samaritana contra los judíos y los desprecia, y la parábola del Buen Samaritano de Jesús también da evidencia de conflicto. La destrucción del templo Samaritano del monte Gerizim se atribuye al sumo sacerdote Juan Hircano.
Tras las revueltas fallidas, el monte Gerizim fue rededicado con un nuevo templo, que finalmente fue destruido de nuevo durante las revueltas samaritanas., La persecución de los samaritanos fue común en los siglos siguientes.