Isabel se casó con el Rey Juan II de Castilla como su segunda esposa. Su primera esposa, María de Aragón, le había dado cuatro hijos, aunque solo uno, el futuro Enrique IV de Castilla, había sobrevivido. Enrique se había unido a Blanca II de Navarra en un matrimonio no consumado durante siete años y fue llamado «el Impotente».»Debido a esto, Juan decidió buscar otra esposa, preferiblemente con una princesa francesa., Sin embargo, su asesor de confianza y amigo Álvaro de Luna decidió que una alianza portuguesa era mejor políticamente, y negoció un partido con la mucho más joven Isabella. Los dos se casaron el 22 de julio de 1447 cuando Juan tenía 42 años e Isabel 19.
Conflicto con los de LunaEdit
Escudo de armas de Isabel de Portugal, Reina de Castilla.
de Luna había dominado al rey desde que era joven y sin duda esperaba que esto continuara después del matrimonio., De Luna trató de controlar a la joven reina también, incluso yendo tan lejos como para intentar limitar los acoplamientos entre el rey amoroso y su novia. Isabel se opuso a la influencia de de Luna sobre su marido y trató de persuadir a su marido para eliminar este favorito.
Los rumores de que de Luna había intentado envenenar a Isabel, y que también había envenenado y asesinado a su predecesora, María de Aragón, aún persisten hasta el día de hoy. Isabel, consciente de esto, se puso a la tarea de persuadir al rey para que aceptara deshacerse de de Luna.,
tuvo poco éxito hasta después del nacimiento en 1451 de su hija y tocaya que se convertiría en Isabel I de Castilla. El confinamiento de la reina fue largo y difícil.
en 1453, de Luna hizo que el noble Alfonso Pérez de Vivero fuera arrojado por una ventana, ya que el noble se había puesto del lado del Condestable. Isabel usó esto como palanca, y convenció al rey para que lo arrestaran y lo juzgaran. El rey Juan hizo lo que su esposa le pidió, y de Luna fue ejecutado.
la muerte de su favorito entristeció al rey, y su salud comenzó a declinar rápidamente., El 15 de noviembre de 1453, Isabel dio a luz a un hijo, Alfonso, y ocho meses más tarde, Juan estaba en su lecho de muerte, expirando por fin el 20 de julio de 1454. Enrique IV, recién divorciado de Blanca, se convirtió en rey.