dentro de la primera década del gobierno del Canciller Supremo Palpatine, el Conde Dooku emergió como la cara del movimiento separatista, reuniendo sistemas para su causa though aunque algunos planetas, como el mundo comercial estratégicamente ubicado de Eriadu, resistieron sus súplicas. En Geonosis, conspiró con otros líderes para construir un ejército droide masivo que abrumaría a la República. Sin embargo, se sorprendió al descubrir que Obi-Wan Kenobi había llegado al sistema mientras estaba en misión., Una vez que el Jedi fue capturado, Dooku afirmó que estaba contento de conocerlo former como el antiguo maestro de Qui-Gon Jinn, Dooku solo había oído cosas buenas sobre Obi-Wan.y pidió su ayuda. La razón por la que Dooku se unió a los separatistas, dijo, Fue porque aprendió una terrible verdad: un Señor Sith llamado Darth Sidious controlaba el Senado. Con Obi-Wan a su lado, podrían destruir a los Sith. «Nunca me uniré a ti, Dooku,» dijo el Jedi. Dooku dejó fríamente a Obi-Wan en su celda.,más tarde, Dooku y los geonosianos planearon ejecutar a Obi-Wan, así como a Anakin Skywalker y Padmé Amidala, en su enorme arena. Los tres evitaron las bestias desatadas sobre ellos, sin embargo, lo que dio a los Jedi y su nuevo ejército clon tiempo para organizar un ataque. Así marcó el inicio de las Guerras Clon, con ambas partes sufriendo grandes pérdidas.
en su intento de escapar, Dooku montó un speeder a un hangar cercano, pero fue seguido por Obi-Wan y Anakin., El líder separatista encendió un sable de luz de hoja roja evidence evidencia de que de hecho se había convertido en Sith and y golpeó a Anakin con un poderoso disparo de rayo de fuerza. Arrogante y ansioso por el combate, se burló de ambos, hiriendo finalmente a Obi-Wan y cortando el brazo derecho de Anakin. Listo para acabar con el Jedi, Dooku se detuvo cuando escuchó pasos familiares: Yoda había llegado. Los Sith afirmaron ser más poderosos que cualquier Jedi, pero Yoda absorbió fácilmente su fuerza de ataque relámpago. «Aún tienes mucho que aprender», dijo., Con eso, los dos lucharon un furioso duelo de sables de luz, que terminó con Dooku haciendo una salida apresurada. «Esto es solo el comienzo», advirtió. El antiguo Jedi huyó del sistema y aterrizó en una vivienda sin marcar en Coruscant, recibido por el malvado Darth Sidious. «Tengo buenas noticias para vosotros, mi Señor,» dijo. «La guerra ha comenzado.”