la carta colonial de Savannah prohibió a los católicos romanos establecerse en la ciudad. Los fideicomisarios ingleses temían que los católicos fueran más leales a las autoridades españolas en Florida que al gobierno inglés en Georgia, sin embargo esta prohibición se desvaneció poco después de la Revolución Americana. La congregación de la iglesia fue reorganizada alrededor de 1796. Los emigrados católicos franceses establecieron la primera iglesia en 1799 después de que huyeran de Haití después de las rebeliones de esclavos que comenzaron en la isla caribeña en 1791., Se convirtió en la principal iglesia para los negros libres de Haití a principios del siglo 19. La construcción de la nueva Catedral de San Juan Bautista comenzó en 1859. La estructura fue casi destruida por un incendio en 1898, pero a través de un esfuerzo diligente fue reconstruida en 1899. La Basílica Catedral de San Juan Bautista fue el primer edificio en Georgia construido de ladrillo. Cuenta con 81 vidrieras, 16 gárgolas, tiene 214 pies de altura con una altura de techo de 96 pies, tomó más de 90,000 clavos de cobre y 45,000 pizarras para construir.,
la congregación construyó su primera iglesia en Liberty Square en 1779 y en 1811, eligió un sitio en las calles Drayton y Perry para un edificio más grande. El obispo John England de la Diócesis de Charleston, que abarcaba Savannah, consagró la nueva iglesia el 1 de abril de 1839. El Papa Pío IX estableció la Diócesis de Savannah en julio de 1850 y la congregación comenzó a planear una nueva catedral en Lafayette Square en 1870 bajo el cuarto Obispo de Savannah, el Reverendo Ignatius Persico., El reverendo James Roosevelt Bayley, Arzobispo de Baltimore, presidió la dedicación del santuario neogótico el 30 de abril de 1876. Sin embargo, la estructura de ladrillo carecía de agujas que no se añadieron hasta 1896, cuando también recibió un revestimiento de estuco y cal.
el 6 de febrero de 1898, un incendio barrió el edificio y dejó solo las paredes y torres, sin embargo, la congregación reconstruyó rápidamente y pudo celebrar la Misa de Navidad en las nuevas instalaciones en 1899. Pero una vez más, la estructura no estaba completa y la decoración interior tomó otros 13 años., Alrededor de 1904 se instalaron vidrieras. La parroquia emprendió proyectos de renovación posteriores en 1959-1965, que abordaron los sistemas de calefacción, refrigeración e iluminación y la decoración; 1984-1985, para reforzar los cimientos estructurales e implementar los cambios sugeridos por el Concilio Vaticano II y 1998-2000 para instalar nuevos techos y restaurar la paleta de colores y decoraciones interiores originales.
El Papa Francisco elevó el estatus de la iglesia a Basílica Menor en 2020.