Der Samaritanismus besagt, dass der Gipfel des Berges Gerizim der wahre Ort des Heiligen Ortes Gottes ist, im Gegensatz zum Grundstein auf dem Tempelberg, wie das Judentum lehrt. Als solche verfolgen die Samariter ihre Geschichte als eigenständige Einheit von den Juden bis in die Zeit Moses zurück, wo sie glauben, dass Josua den Grundstein für ihren Tempel gelegt hat. Die samaritanische Geschichtsschreibung führt das Schisma selbst auf den Hohepriester Eli zurück, der Moses‘ Wohnung zugunsten des Berges Gerizim nach Josuas Tod aufgab.,Jahrhundert ein Hauptwerk der samaritanischen Geschichte schrieb, kommentiert samaritanische Ursprünge wie folgt:
Zwischen Eli, dem Sohn von Yafni, der Linie von Ithamar, und den Söhnen von Pincus (Pinehas) brach ein schrecklicher Bürgerkrieg aus, weil Eli, der Sohn von Yafni, beschloss, das Hohepriestertum von den Nachkommen von Pincus zu usurpieren. Er opferte auf einem Altar aus Steinen. Er war 50 Jahre alt, mit Reichtum ausgestattet und für die Schatzkammer der Kinder Israel verantwortlich. …,
Er opferte auf dem Altar, aber ohne Salz, als wäre er unaufmerksam. Als der Große Hohepriester Ozzi davon erfuhr und feststellte, dass das Opfer nicht angenommen wurde, verleugnete er ihn gründlich.und es wird (sogar) gesagt, dass er ihn tadelte.
Daraufhin erhoben er und die Gruppe, die mit ihm sympathisierte, sich in Aufruhr und machten sich sofort mit seinen Anhängern und seinen Bestien auf den Weg nach Shiloh. So spaltete sich Israel in Fraktionen. Er sandte zu ihren Führern und sagte zu ihnen: Wer wundervolle Dinge sehen möchte, lass ihn zu mir kommen., Dann versammelte er eine große Gruppe um ihn herum in Silo und baute sich dort einen Tempel; Er baute einen Ort wie den Tempel (auf dem Berg Gerizim). Er baute einen Altar und ließ keine Details aus—alles entsprach Stück für Stück dem Original.
Zu dieser Zeit teilten sich die Kinder Israels in drei Fraktionen auf. Eine loyale Fraktion auf dem Berg Gerizim; eine ketzerische Fraktion, die falschen Göttern folgte; und die Fraktion, die Eli Sohn von Yafni in Shiloh folgte.,
Weiter heißt es in der samaritanischen Chronik Adler oder New Chronicle, die vermutlich im 18.Jahrhundert unter Verwendung früherer Chroniken als Quellen verfasst wurde:
Und die Kinder Israels in seinen Tagen in drei Gruppen eingeteilt. Einer tat nach den Greueln der Heiden und diente anderen Göttern; ein anderer folgte Eli, dem Sohn von Yafni, obwohl sich viele von ihnen von ihm abwehrten, nachdem er seine Absichten offenbart hatte; und ein dritter blieb beim Hohepriester Uzzi ben Bukki, dem auserwählten Ort.,
Die traditionelle jüdische Erzählung von 2 Königen und Josephus besagt, dass das Volk Israel vom König der Assyrer (Sargon II) nach Halah, Gozan am Khabur und in die Städte der Meder entfernt wurde. Der König der Assyrer, so wird uns gesagt, brachte dann Menschen aus Babylon, Kutha, Avah, Emath und Sepharvaim, um sich in Samaria niederzulassen. Weil Gott Löwen unter ihnen sandte, um sie zu töten, sandte der König der Assyrer einen der Priester aus Bethel, um die neuen Siedler über Gottes Verordnungen zu unterrichten., Das endgültige Ergebnis war, dass die neuen Siedler sowohl den Gott des Landes als auch ihre eigenen Götter aus den Ländern verehrten, aus denen sie kamen.
Moderne genetische Studien (2004) legen nahe, dass die Abstammung der Samariter auf einen gemeinsamen Vorfahren mit Juden im väterlich ererbten jüdischen Hohepriestertum (Cohanim) zurückgeht, das zeitlich nahe an der Zeit der assyrischen Eroberung des Königreichs Israel liegt, und wahrscheinlich Nachkommen der historischen israelitischen Bevölkerung sind, wenn auch angesichts der zurückgezogenen Geschichte des Volkes isoliert., Dies wirft Zweifel auf, wenn nicht völlig widerlegt, Diese historische Theorie, dass Samariter aus Assyrien stammten.
Darüber hinaus bemerkt die Schriftrolle vom Toten Meer 4Q372, die die Hoffnung erzählt, dass die nördlichen Stämme in das Land Joseph zurückkehren werden, dass die gegenwärtigen Bewohner im Norden Narren sind, ein feindliches Volk, bezieht sich aber nicht explizit auf sie als Ausländer. Es geht weiter zu sagen, dass diese Leute, die Samariter, Jerusalem verspotteten und einen Tempel auf einer Höhe (Gerizim) bauten, um Israel zu provozieren.,
Zwischen dem Ende der assyrischen Diaspora und der Bar Kokhba Revolte gab es zahlreiche Konflikte zwischen den Samaritanern und den Juden. Die jüdische Geschichtsschreibung beschreibt mehrere Anstiftungen der samaritanischen Bevölkerung gegen die Juden und verunglimpft sie, und Jesu Gleichnis vom Barmherzigen Samariter zeugt auch von Konflikten. Die Zerstörung des samaritanischen Tempels des Berges Gerizim wird dem Hohepriester John Hyrcanus zugeschrieben.
Nach den gescheiterten Revolten wurde der Berg Gerizim mit einem neuen Tempel umgestaltet, der schließlich während der Samariter-Revolten wieder zerstört wurde., Die Verfolgung der Samariter war in den folgenden Jahrhunderten üblich.