Die Kolonialcharta von Savannah untersagte es römischen Katholiken, sich in der Stadt niederzulassen. Die englischen Treuhänder befürchteten, dass Katholiken den spanischen Behörden in Florida gegenüber loyaler sein würden als der englischen Regierung in Georgia, jedoch verblasste dieses Verbot kurz nach der amerikanischen Revolution. Die Kirchengemeinde wurde um 1796 neu organisiert. Französische katholische Emigranten gründeten 1799 die erste Kirche, nachdem sie nach Sklavenaufständen, die 1791 auf der Karibikinsel begannen, aus Haiti geflohen waren., Es wurde die Hauptkirche für freie Schwarze aus Haiti im frühen 19. Der Bau der neuen Kathedrale von St. Johannes dem Täufer begann 1859. Die Struktur wurde 1898 durch einen Brand fast zerstört, aber durch sorgfältige Bemühungen wurde 1899 wieder aufgebaut. Die Kathedrale Basilika St. Johannes der Täufer war das erste Gebäude in Georgien aus Backstein gebaut. Es verfügt über 81 Buntglasfenster, 16 Wasserspeier, ist 214 Fuß hoch mit einer Dachhöhe von 96 Fuß, nahm über 90.000 Kupfernägel und 45.000 Schiefer zu konstruieren.,
Die Gemeinde baute 1779 ihre erste Kirche am Liberty Square und wählte 1811 einen Standort in der Drayton-und Perry-Straße für ein größeres Gebäude. Bischof John England von der Diözese Charleston, die Savannah umfasste, weihte die neue Kirche 1. April 1839. Gründete die Diözese Savannah im Juli 1850 und die Kongregation begann 1870 unter Savannahs viertem Bischof, dem rechten Reverend Ignatius Persico, eine neue Kathedrale auf dem Lafayette Square zu planen., Reverend James Roosevelt Bayley, Erzbischof von Baltimore, präsidierte bei der Einweihung des neugotischen Heiligtums April 30, 1876. Die Ziegelstruktur fehlte jedoch an Türmen, die erst 1896 hinzugefügt wurden, als sie auch eine Beschichtung aus Stuck und Tünche erhielt.
Am 6. Februar 1898 fegte ein Feuer das Gebäude und ließ nur die Mauern und Türme zurück, jedoch baute die Gemeinde schnell wieder auf und konnte 1899 in der neuen Einrichtung die Weihnachtsmesse feiern. Aber auch hier war die Struktur nicht vollständig und die Innenausstattung dauerte weitere 13 Jahre., Buntglasfenster wurden um 1904 installiert. Die Pfarrei unternahm in den Jahren 1959-1965 nachfolgende Renovierungsprojekte, die sich mit Heiz -, Kühl-und Beleuchtungssystemen sowie Dekoration befassten; 1984-1985, um die strukturellen Grundlagen zu stärken und die vom Zweiten Vatikanischen Konzil vorgeschlagenen Änderungen umzusetzen, und 1998-2000, um neue Dächer zu installieren und die ursprüngliche Farbpalette und Dekoration des Innenraums wiederherzustellen.
Papst Franziskus hat 2020 den Status der Kirche zur Basilika Minor erhoben.