Innerhalb des ersten Jahrzehnts der Herrschaft des Obersten Kanzlers Palpatine trat Graf Dooku als Gesicht der separatistischen Bewegung auf und sammelte sich für seine Sache-obwohl einige Planeten, wie die strategisch gelegene Handelswelt von Eriadu, seinen Bitten widerstanden. Auf Geonosis verschwor er sich mit anderen Führern, um eine massive Droidenarmee aufzubauen, die die Republik überwältigen würde. Er war überrascht zu finden, jedoch, dass Obi-Wan Kenobi hatte seinen Weg zum System während der Mission gemacht., Sobald die Jedi gefangen genommen wurde, behauptete Dooku, er sei froh, ihn zu treffen – als ehemaliger Meister von Qui-Gon Jinn hatte Dooku nur gute Dinge über Obi-Wan gehört – und bat um seine Hilfe. Der Grund, warum Dooku sich den Separatisten anschloss, war, dass er eine schreckliche Wahrheit erfuhr: Ein Sith-Lord namens Darth Sidious kontrollierte den Senat. Mit Obi-Wan an seiner Seite könnten sie die Sith zerstören. „Ich werde mich dir nie anschließen, Dooku“, sagte der Jedi. Dooku verließ kalt Obi-Wan in seiner Zelle.,
Später planten Dooku und die Geonosianer, Obi-Wan sowie Anakin Skywalker und Padmé Amidala in ihrer riesigen Arena auszuführen. Die drei stachen jedoch die auf sie entfesselten Bestien ab, was den Jedi und ihrer neuen Klonarmee Zeit gab, einen Angriff zu inszenieren. So markierte der Beginn der Klonkriege, wobei beide Seiten schwere Verluste erlitten.
In seinem Versuch zu entkommen, fuhr Dooku einen Speeder zu einem nahe gelegenen Hangar, wurde aber von Obi-Wan und Anakin gefolgt., Der Separatistenführer zündete ein rotes Lichtschwert-ein Beweis dafür, dass er Sith tatsächlich gedreht hatte-und schlug Anakin mit einem mächtigen Schuss Kraftblitz. Arrogant und kampflustig verspottete er sie beide, verletzte Obi-Wan und trennte Anakins rechten Arm. Bereit, die Jedi zu beenden, hörte Dooku auf, als er vertraute Schritte hörte: Yoda war angekommen. Die Sith behauptete, mächtiger zu sein als jeder Jedi, aber Yoda absorbierte leicht seine Kraft Blitzangriff. „Viel zu lernen hast du noch“, sagte er., Damit kämpften die beiden ein wütendes Lichtschwert-Duell, das mit Dooku endete, der einen hastigen Ausgang machte. „Das ist erst der Anfang“, warnte er. Der ehemalige Jedi floh aus dem System und landete in einer unmarkierten Wohnung auf Coruscant, begrüßt von dem bösen Darth Sidious. „Ich habe gute Nachrichten für dich, mein Herr“, sagte er. „Der Krieg hat begonnen.”