Om Ligase:
En ligase er et enzym, der kan danne en ny kemisk binding til at katalysere sammensmeltning af to store molekyler gennem en ledsagende hydrolyse af et lille vedhæng kemiske gruppe. Ligaser bruger ATP til at danne bindingerne og bruges til rekombinant DNA-kloning, der forbinder to komplementære fragmenter af nukleinsyre.
Ligase Funktion
DNA-ligase enzymer (EF-nummer 6.5.1.1 (CAS-nummer 9015-85-4) og bruges til sammenføjning af to DNA-strenge ved at reparere enkelt-linje pauser for at katalysere phosphodiester obligationer., Forholdet forekommer mellem 5 ‘phosphatenden af donornukleotidet og 3’ hydro .ylenderne af acceptornukleotidet.
De fire-trins proces, som kræver AMP, omfatter: reorganisering af aktivitet i DNA-segmenter eller Okazaki-fragmenter, adenyltation af en lysin rest til det aktive centrum af enzymet til at frigive pyrofosfat, overførsel af AMP donor-nukleotid-5′ – phosphat ende til at danne en pyrofosfat ende, dannelsen af phosphodiester bånd mellem donor nukleotid-og 3′ – hydroxyl af acceptor.,
Ligase Interaktioner
Kodet af lig gen, E. coli DNA-ligase gevinster energi ved at spalte nicotinamid adenin dinucleotide (NAD) til at generere en phosphodiester bond, men kan ikke deltage i RNA til DNA. DNA-polymerasekoncentrater kan bruges til at øge aktiviteten af E. coli-DNA-ligasen, men koncentraterne skal være mindre end de fragmenter, der skal ligeres.
Escherichia-viruset T4 bruges primært i laboratorieforskning og kan ligeres til enten de sammenhængende eller stumpe ender af oligonukleotider ud over både RNA-og RNA-DNA-hybrider., Det går dog ikke sammen med enkeltstrenget nukleinsyre eller bruger NAD. T4 er afhængig af en ATP-cofaktor og har en optimal temperatur på 16 °C.
Ligase Mekanisme
Det varmestabile enzymet stammer fra den termofile bakterie og aktiverer ved langt højere temperaturer end andre DNA-ligaser, understreges af, at half-life priser på over 1 time ved 95 °C og 48 timer ved 65 °C. Det giver stor hybridisering stringens og ligering specificitet, der viser handlekraft til 500 termiske cykler.