Præsidenten for Sydstaterne
Den januar 21, 1861, 12 dage efter Mississippi løsrev sig, Davis lavet en bevægende afsked tale i Senatet og bad veltalende for fred. Før han nåede sit Brierfield plantage, blev han udnævnt til generalmajor til hovedet Mississippi ‘ s væbnede styrker og forberede sit forsvar, men inden for to uger Sydstaternes Konventionen i Montgomery, Alabama, valgte ham som midlertidig præsident for Sydstaterne. Davis blev overrasket over nyheden om hans valg., I modsætning til mange sydlige ledere havde han forventet krig og håbet på at blive øverstbefalende for De Sydlige hære. I sin tiltrædelsestale den februar 18, 1861, Davis sagde, i del,
Jeg kommer ind på de opgaver, i det embede, hvortil jeg har valgt med håb om, at starten af vores karriere som en Konføderation må ikke være spærret af fjendtlige modstand mod vores nydelse af separate eksistens og uafhængighed vi har hævdet, og som, med velsignelse af Providence, vi har til hensigt at fastholde.
hans første handling var at sende en fredskommission til D.C.ASHINGTON, DC,, for at forhindre en væbnet konflikt. Lincoln nægtede at se sine udsendinge og den næste måned besluttede at sende væbnede skibe til Charleston, South Carolina, at forsyne den belejrede Union garnison på Fort Sumter. Davis beordrede modvilligt bombardementet af fortet (12-13 April), som markerede begyndelsen på den amerikanske borgerkrig. To dage senere opfordrede Lincoln til 75,000 frivillige, et skridt, der medførte løsrivelse af Virginia og tre andre stater fra Unionen.,
Library of Congress, ,ashington, DC (reproduktion nr. LC-DIG-pga-01584)
Davis står over for en alvorlig krise. En præsident uden præcedens måtte han forme en helt ny nation midt i en krig., Med kun en fjerdedel af den hvide befolkning i det Nordlige stater, med en lille brøkdel af det Nordlige produktionskapacitet, og med ringere jernbaner, ingen flåde, ingen powder mills, ingen skibsværft, og en rystende mangel på våben og udstyr, Syd var i dårlig stand til at modstå invasionen. Men på Bull Run (Manassas, Virginia) den 21.juli 1861 dirigerede de konfødererede Unionsstyrker. I mellemtiden skabte Davis med provisoriske materialer fabrikker til fremstilling af pulver -, kanon -, sidearme-og kvartmasterforretninger., I restaurerede flådeværfter blev der bygget kanonbåde, og Sydens utilstrækkelige jernbaner og rullende materiel blev lappet op gentagne gange. Davis sendte agenter til Europa for at købe våben og ammunition, og han sendte repræsentanter for at forsøge at sikre anerkendelse fra England og Frankrig.
Davis lavede det inspirerede valg af Robert E. Lee som kommandør for hæren i det nordlige Virginia i juni 1862. Mens Davis militære dom var lejlighedsvis skyld, han klogt gav Lee bredt omfang i at gennemføre krigen i løbet af de næste tre år., Måske Davis mest alvorlige fejl som øverstkommanderende var den overdrevne betydning, han knyttet til at forsvare den konfødererede hovedstad i Richmond, Virginia, på bekostning af operationer længere mod vest, herunder forsvaret af den centrale konfødererede fæstning i Vicksburg, Mississippi.
Davis havde utallige problemer i løbet af hans formandskab, herunder et mundhuggeri Kongres, en dissident vice president, Alexander H. Stephens, og den konstante modstand af ekstrem stater’ rettigheder fortalere, såsom North Carolina Gov., Ebebulon Vance, der gjorde kraftig indsigelse mod værnepligten lov han havde vedtaget over megen modstand i 1862. Men på trods af en gradvis forværring af den militære situation, ulettet interne politiske spændinger, den fortsatte mangel på arbejdskraft og bevæbning, og hastigt stigende inflation, forblev han resolut i sin vilje til at fortsætte krigen, og Lee forblev begge sine mest værdifulde field commander og hans mest loyale personlige tilhænger., Selv under belejringen af Petersburg, når Lee ‘ s hær blev immobiliseret og sulter, Davis hævdede, at et publikum i Richmond på februar 6:
lad os så forene vores hænder og vores hjerter.,…Vi kan godt tro, at før en anden sommersolverv falder over os, vil det være fjenden, der beder os om konferencer.